日々精進~バイオデータサイエンティスト 兼 起業家としての日々~

バイオインフォマティクス研究者から創薬ベンチャーのサラリーマン、さらには自ら起業して感じたことの雑記。

京都出張から帰ってきました

2009-10-28 23:07:57 | Business
1泊2日の京都出張から帰ってきました。 京都滞在で思ったことを箇条書きにしていきます。 ・修学旅行生が多かった ・外国人観光客、特に中国系のかたが多かった ・市内でも紅葉が始まりつつあったが、見る余裕が無かった(T_T) ・タクシーは安くて便利(東京が高すぎる!) ・新幹線のエクスプレス予約は便利で、早割(みたいなもの)が利用できた 京都はもともと外国人観光客は多いですが、私が京都に住んで . . . 本文を読む
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雨ですね

2009-10-26 23:46:08 | Weblog
先週の秋晴れとは打って変わって、今週は雨が続くようですね。 個人的に雨は好きです。 小学生の頃、教室の窓から見た雨の降るグラウンドが印象的で、今でもときどき思い出します。 他にも、ドライブ中に降ってきた土砂降りの雨で前が見えず、路肩に停車した思い出とか、雨にまつわる記憶がよみがえってきます。 自分が傘を差していないときの記憶ばかりですね。 . . . 本文を読む
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Perl勉強中~続報~

2009-10-21 19:27:09 | Bioinformatics
10/18に書いた、dbSNPのXMLファイルを扱うBioPerlモジュールBio::ClusterIO::dbsnpですが、使用例のコードを走らせても、上手く情報が抽出できないトラブルに遭遇しています。 subsnpなど、XMLの構造は正しく読めているようですが、原因は調査中です。 . . . 本文を読む
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Perl勉強中~Bioinformatics(続)~

2009-10-18 23:30:45 | Bioinformatics
PerlでのdbSNPのXMLファイルの取り扱いについて昨日の続き・・・ 2006年ごろ(dbSNP Build127当時)に正規表現で抽出するPerlスクリプトは作っていましたが、今回の最新版(Build130)では書式が若干変更されて、そのスクリプトは動作しませんでした。 NCBIのデータは比較的頻繁に書式の変更があったりするので、また正規表現で作成すると今後の手間になるので、汎用性のある . . . 本文を読む
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Perl勉強中~Bioinformatics~

2009-10-17 20:40:32 | Bioinformatics
昨日に続き、Perlについて。 ゲノムDNAの多型のうち、一塩基の多型をSNP(Single Nucleotide Polymorphism)といいます。 SNPについての詳細はネットで検索していただくとして、SNP情報は、米国NCBIのdbSNPの情報を利用しています。 dbSNPのサマリーによりますと、人のSNPは約1200万カ所余りが報告されています。 で、その情報はダウンロード可能な形 . . . 本文を読む
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Perl勉強中~Webフレームワーク~

2009-10-16 23:30:53 | Bioinformatics
最近、時間をつくっては「Perl(特にモダンPerl)」を勉強しています。 「モダンPerl」というのは、オブジェクト指向やここ5年ほどの技術や手法を取り入れた、Perlの書き方のことです。 Perlのオブジェクト指向自体はだいぶ前から取り組まれていますが、ここ数年でいっきに開花しています。詳細な説明は専門家に任せるとして、私はユーザーとして便利な手法を学ばせてもらっています。 Webアプリ . . . 本文を読む
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進行中の案件

2009-10-15 00:15:08 | Business
今日の午後は、進行中の案件についてディスカッションしました。 関西でのミーティング内容を共有すると同時に、 新たな課題を解決するためのディスカッションだったのですが、 期待以上に課題とその対処法が明確化してきました。 やはり仕事はコミュニケーションが最重要ですね。 . . . 本文を読む
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関西出張から帰ってきました

2009-10-13 21:05:33 | Business
数日間におよぶ関西出張から帰ってきました。 出身大学院のホームカミングデイ(OB・OG・現役生の飲み会)に参加し 旧交を温めてきたのですが、研究の情報を集められる貴重な機会でもあります。 懐かしい人たちとの会話で、少々お酒が進みすぎてしまいました。 大学院修了後、関東エリアに住んでいるOB・OGも多くいるので、 「関東組」を結成して定期的に情報交換をしていこうとおもいます。 大学院以外にも、 . . . 本文を読む
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