日々精進~バイオデータサイエンティスト 兼 起業家としての日々~

バイオインフォマティクス研究者から創薬ベンチャーのサラリーマン、さらには自ら起業して感じたことの雑記。

7月8日(金)「インターン Meetup 2016年夏」開催のお知らせ

2016-06-28 17:30:57 | Bioinformatics
来週7/8(金)の17:00からインターンシップイベントやります! 「バイオベンチャーに興味がある」、「ただのIT系だけではつまらない」、「将来は起業を考えているのでベンチャー社長の身近で勉強したい」という学生の方は、ぜひイベントに参加してみてください。 イベントHPからお申し込みできます。 詳細は、上記リンクをご覧ください。 18:30ごろからは懇親会もありますので、懇親会からの参加もOK . . . 本文を読む
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クリニカルシーケンスの勉強会をします

2015-02-21 15:19:27 | Bioinformatics
次世代シーケンサー(NGS)が比較的安価になり、データ解析のノウハウやデータベースが充実してきたことで、臨床の現場でも患者さんの血液などからNGS解析を行う「クリニカルシーケンス(Clinical-seq)」が普及してきました。 実際のデータ解析を行う際に注意する点や技術のご紹介の場として、今からバイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS解析入門@大阪〜Exome . . . 本文を読む
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ヒトゲノム変異へのアノテーションソフト「UniAnno」を販売開始しました!

2015-02-03 23:54:02 | Bioinformatics
表題のとおり、「UniAnno」というヒトゲノム変異へのアノテーションソフトを開発・販売しました。 詳細はこちら=> http://amelieff.jp/?p=4301 疾患などに関連するゲノム変異のデータ解析をしていると、数多くのゲノム変異(1塩基変異: SNV)が検出されます。特に昨今の超高速シーケンサー(通称 次世代シーケンサ: NGS)を用いたゲノム解析だと、検体1人ごとに数万~数百 . . . 本文を読む
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第3回「生命医薬情報学連合大会@仙台」に参加しました

2014-10-04 23:55:13 | Bioinformatics
仙台で開催されました第3回 生命医薬情報学連合大会に参加し、3回も講演する機会をいただきました。 この大会は、日本バイオインフォマティクス学会の年会でもありました。 一日目は「バイオインフォと医学の融合」というセッションで、「フリーソフトによるRNA-seqデータ解析」というタイトルで講演させていただきました。 私の前の演者の先生が「大腸癌特異的なABCトランスポーターのスプライスバリアント解 . . . 本文を読む
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NGS解析の臨床応用について

2014-09-28 23:54:26 | Bioinformatics
次世代シーケンサー(NGS)を臨床の現場で利用するクリニカルシーケンス(Clinical-seq)についての話題に接する機会が、昨年の末くらいか急に増えてきました。 25日(木)~27日(土)に開催されていた第73回日本癌学会学術総会でも、NGSを臨床の現場で活用する話題が多くありました。がん研究はとても難しいことが知られていますが、個人ごとのがん細胞の特性を見極める段階であることがわかります。 . . . 本文を読む
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バイオインフォマティクス大勉強会を開催しました

2014-09-27 23:25:44 | Bioinformatics
2014年9月22日(月)にアメリエフ主催で「バイオインフォマティクス大勉強会」を開催しました。 このイベントは、普段開催している「バイオインフォマティクス勉強会」の拡大版で、普段の勉強会はデータ解析(Dry)についての紹介がメインですが、今回は実際の実験(Wet)を中心に、データ解析(Dry)までどのように行っているか、を最先端の研究者4名の先生方にご紹介していただきました。 一人目の講演者 . . . 本文を読む
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イルミナ社のセミナーで、GBSについて話しました

2014-08-08 23:02:08 | Bioinformatics
昨日(2014年8月7日)、イルミナ社主催のセミナーイルミナGBSワークショップ 2014 ~ 非モデル生物におけるジェノタイピング解析 ~で、データ解析の流れについて講演させていただきました。 GBSとは Genotype by sequencingの略で、おおざっぱにいうと、制限酵素で処理してDNAシーケンスを行い、マーカーとなる変異を見つける手法です。参照となるリファレンスゲノム配列が決定 . . . 本文を読む
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魚を与えるより、魚の釣り方を教えてほしい

2014-07-25 14:35:37 | Bioinformatics
以前、お客様に言われてハッとした言葉をご紹介したいとおもいます。 そのお客様は、大学の医学系研究科で臨床系研究室の責任者の先生です。 研究室は臨床系なのですが、データ解析を自前で行うため、弊社のサーバーや出張サポートをご依頼いただいていました。 その出張サポート中のことです。 現場の若い先生が、実際のデータ解析をされている時にデータ解析上の壁にぶつかって、前に進めないことがありました。 何日 . . . 本文を読む
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バイオインフォマティクス・アルゴリズム勉強会@関西

2014-07-19 21:16:41 | Bioinformatics
本日(2014年7月19日)、京都市内で表題の勉強会に参加してきました。 趣旨としては、バイオインフォマティクス関連の論文や オープンソースソフトのアルゴリズムを勉強して理解を深めようという勉強会です。 私はこの勉強会の主催の1人でもあるのですが、 そもそものこの勉強会企画の背景からご説明したいとおもいます。 「バイオインフォマティクス」というと2つの側面がありまして、 生命科学の研究者が「ツ . . . 本文を読む
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先週末のバイオインフォマティクス勉強会を終えて

2014-02-17 23:50:25 | Bioinformatics
先週の土曜日(2014/02/15)に第29回バイオインフォマティクス勉強会を開催し、フリーソフトでRNA-seq解析の始め方についてご紹介させていただきました。 ただ、みなさんご存知のように、金曜日からの大雪と土曜日朝の雨で道路はぐちゃぐちゃ、公共交通機関も大幅に乱れてしまいました。 そのようにこれ以上は無いくらい足下の悪い中、参加してくださった方には感謝の言葉もありません。 ありがとうござ . . . 本文を読む
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