Safari で URL を指定して新しいウィンドウを開き、そのウィンドウの ID を変数に格納して残しておきます。
後に、その ID をもとにウィンドウを指定して閉じます。
tell application "Safari"
activate
open location "http://blog.goo.ne.jp/vallie"
set theID to id of window 1
delay 5
tell the window id theID to close
end tell
-- Snow Leopard, Mac OS X 10.6.2
おまけ。