主祭神は、天饒石国饒石天津日高彦火瓊瓊杵尊、つまりニニギノミコト、相殿神は、木花開姫尊（ニニギノミコトの妻）、彦火火出見尊（ニニギノミコトの子・海幸彦）、豊玉姫尊（山幸彦の妻）、鵜鷀草葺不合尊（山幸彦の子）、玉依姫尊（神武天皇の母）、神倭磐余彦尊（神武天皇）である。
第29代欽明天皇の時代、高千穂峰と火常峰の間に社殿が造られたのが始まりとされ、高千穂峰に対する山岳信仰から始まった神社である。しかし、火山の麓にあるという立地のため、たびたび炎上する。天暦年間には性空上人により瀬多尾越（現在の高千穂河原・古宮址）に遷されるが、ここもたびたび噴火の巻き添えで炎上する。1484年、島津忠昌の命により兼慶が再建したのが、現在の霧島神宮である。但し、建物はその後も幾度も炎上し、現在の社殿は1715年、島津吉貴の奉納により再建した物である。また、坂本龍馬が日本最初といわれる新婚旅行で霧島連峰を訪れたことが知られるが、その頃にはすでに山頂には天津日高彦火瓊瓊杵尊が突き刺したという天の逆鉾があったという。明治期の神仏分離令が発令されるまでは西御在所霧島権現と称し、修験僧による霧島六所権現信仰の中心的役割を果たしていた。
この雄大な風景を背にした壮大な神社によって明治維新を起こした薩摩隼人の剛健な気風が養われたのだろう。薩摩が勤皇軍の中心として活躍したのは、その領内に霧島神宮のような天皇家の祖先を祀る神社があったからではないだろうか。江戸中期には島津藩から白尾国柱という国学者がでている。本居宣長から国学を学び霧島に注目した。ここは天孫降臨の地であり、日向三代の神々と神武天皇を祀る神社がある。こういうところから島津藩に於ける尊王思想が生まれ倒幕維新の大事業へと結びついたのである。天孫降臨の山は西臼杵郡の高千穂の小さな山々では困るのであり、霧島のような巨大な山のような気概で世界に羽ばたかなければならないというのが薩摩藩の勤皇の志士の気持ちなのである。この白尾の思想は幕末から明治にかけて活躍した国学者・八田智紀や後醍院真柱に受け継がれ、やがて神仏分離を唱えた。こうして神仏分離・廃仏毀釈の運動は薩摩から始まって日本政府の政策となり、国学者の多い土地ほど寺院の破壊は徹底的に行われた。
アシナツチ(出雲の斐井川)
┣稲田姫神(イナダヒメノカミ) 八岐大蛇の生贄になる寸前にスサノオノミコトに助けられる
テナツチ ┃(来訪神に仕える巫女)草薙剣をアマテラスに献上 倭姫→ヤマトタケル→尾張熱田神宮
┗━┓- 後に須賀に宮殿を造営 出雲の支配者となる。
┃ ┣建御名方タケミナカタ(出雲国譲に反対 諏訪湖に追放)⇔タケミカヅチ
┃ ┃事代主神(天武の守護神)
伊邪那岐命 ┃ ┃武神フツヌシ 高倉下献上の霊剣が神格化
┣ﾋﾙｺ ┣大国主神(オオナムヂ→アシハラノシコオ→ウツシクニタマ→オオクニヌシノミコト大穴牟遅神)
┣ｱﾊｼﾏ ┃オオムナヂ ：異母兄弟神(八十神)に仕える少年神→ヤガミヒメ(因幡国)を得る
┃ ┃ ┃アシハラノシコオ：八十神を逃れて冥府王・スセリヒメと結婚
┃ ┃ ┣島根美保神社の神
┃ ┃高志(糸魚川付近)の巫女・沼河比売ヌナカワヒメと結婚
┣素戔鳴尊(スサノオノミコト)冥府,天照大神により高天原を追放後出雲国へ天降る
┃ ┣スセリヒメ(地下冥府の王)
┃ ┃ ┣
┃ ┃アシハラノシコオ(ヤガミヒメ・キサガイヒメ・ウムガイヒメの霊力をもらう)→オオクニヌシ
┃ ┃ (カムムスヒの御子神・クスナビコナとともに出雲国を完成させる)
┃ ┗イソタケル(スサノヲと共に新羅へ渡る)
┣天照大神 ━━┓(アマテラスオオミカミ) 太陽の神
┃(高天の原) ┃八咫鏡を授ける ニニギノミコト(日向可愛山陵)
┃ ┃(垂仁期に倭姫伊勢へ祀)↓┣火闌降命ホスソリ(海幸彦)隼人始祖
┃ｽｻﾉｦﾉﾐｺﾄ ┃ ↓ 日向の襲┣彦火火出見命(山幸彦)高屋山上陵
┃ ┣大年神 ┃ ↓ (高千穂)┃ ┣鵜草葺不合命(吾平山上陵)
┃ ┣ｳｶﾉﾐﾀﾏ稲荷┃ ↓ ↓┃┏豊玉姫┣神武天皇(四男)
┃┏神大市比売神┃ ↓ 空国┃┣玉 依 姫
┣大山祇神━━ ┃ ↓(ｵｵﾔﾏﾂﾐ) ━┓ ↓┃大綿津見神(日本神話で最初に登場)
┃┃ ┃ ↓ ┃ 吾田┣火明命(尾張連始祖)
┃┣四対八神の神┃ ↓ ┣神吾田津姫・コノハナサクヤ姫(端陵)
┃鹿屋野比売神 ┃ ↓ ┗姉・磐長姫・コノハナチル姫(醜い為送り返される)
┃ ┃ ↓ ┣
┃ ┃ ↓ 八島士奴美神(スサノヲの子)
┃ ┃石凝姥に作らせる 西都原古墳群・メサホ塚古墳がコノハナサクヤ姫陵？
┃ ┃ ┣紀伊の日前神(天香山の銅で鋳造)
┃ ┃ ┗伊勢大神
┣月弓尊 ┃(ツキユミノミコト) 月の神 五穀の起源
┣大宜都比売神 ┃(オオゲツヒメノカミ) 五穀の神 保食神 豊受姫命
┣迦具土神 ┃(カグツチノカミ)火神 母の陰部を焼焦がし誕生。十拳剣にて死す
伊邪那美命 ┃
(根堅洲国) ┃甕襲ミカソの犬・足往が八坂瓊ヤサカニ勾玉を垂仁に献上→石上神社
┃
┏━━━━━━━━━┛
┗┓
┣天穂日命（アメノホヒ）出雲の祖。アマテラスの右のみずらに巻いた勾玉から成った。
┃ 出雲平定の為にアマテラスに派遣されるがオオクニヌシに寝返る
┣ネｱﾏﾂﾋｺﾈ 萬幡豊秋津師比売命(高木神の娘)
┣ｲｸﾂﾋｺﾈ ┣天火明命(アメノホアカリ)
┣ｸﾏﾉｸｽﾋﾞ ┣瓊瓊杵尊(ニニギノミコト)
┃ ┃ ┣火遠理命(山幸彦)
┃ ┃木之花サクヤビメ ┣鵜葺草葺不合命
┃ ┃ 豊玉姫
┣天忍穂耳命（アメノオシホミミ）スサノオガアマテラスの勾玉を譲り受けて生まれた五皇子の長男
┣建甕槌命 (タケミカヅチノミコト)迦具土神が十拳剣にて父に刺されたときに血から誕生
┃ 磐筒女(イワツツヒメ)の子
┃ 出雲・稲佐浜でコトシロヌシと闘争
┣布都御魂神 (フツノミタマノカミ)迦具土神が十拳剣にて父に刺されたときに血から誕生
┣菊理姫神 （ククリヒメノカミ）伊邪那岐命・伊邪那美命が喧嘩をしたときに調停する白山の神、農耕神
┗天宇受売神（アメノウズメノカミ）巫女の元祖 岩戸では陰部もあらわに踊ります サルタヒコの妻伝承あり
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