論文捏造

論文捏造・二重投稿・盗用の研究不正疑惑を追及。論文捏造反対!論文撤回、訂正も監視します。


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山中伸弥氏の論文画像類似事案(捏造指摘ではない)

2013-08-08 | 山中伸弥(ノーベル賞)

Fig.3Aの画像の疑義の件:http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1364040890/240

Fig.7Bのグラフの疑義の件:http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1364040890/511

山中伸弥氏のEMBO J誌論文に関する2ch書き込みまとめ

 

続報:

朝日新聞: 山中教授が会見「論文内容は正しい」 元画像はなく謝罪

時事ドットコム:山中教授、不正否定=共著者ノート確認できず-14年前の論文・京大

産経新聞: 【山中教授論文】14年前の論文にネットで疑義 「内容に問題なし」も一部データ散逸で陳謝

NHKニュース:Reading:京大・山中教授が自身の論文巡り会見 

EMBO J誌2000年の論文のFig.3AやFig.7Bのデータは、中国からの留学生が作製し、山中氏は関与しておらず、彼女の生データは保存されていなかったということでしょうか?

14年前の論文なので、生データが残っていなくても、合理的な保存期間(通常論文出版後約5年)を過ぎていますので、仕方がないのかもしれません。


山中伸弥氏の論文画像類似事案(捏造指摘ではない)  (Twitter: @JuuichiJigen

捏造、不正論文 総合スレネオ2 のコメント240で指摘された、
山中伸弥氏の論文(EMBO J. 2000;19:5533-41.)の実験画像類似事案について。 

240 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 16:25:14.15=New= 
●EMBO J. 2000;19(20):5533-41. 
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11032820 
Fig. 3A。+/-の上のバンドと-/-のバンド。完全一致はしない。 

511 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 00:05:20.32>>507 
だまされてはいけない 
>>240のFig.3Aの上には「+/+」「+/-」「-/-」という文字が並んでいる 
高解像の図でこの文字を拡大してみると良い 
3つの「+」のカタチはidenticalではないことが明確にわかるはず 
この画像は同じはずの文字がこれだけ異なってしまうような何らかの作業を経て作られている 

>>506の作業を「+」について行っても、差分は検出されるだろう 
つまり、>>506はシロであることの証拠には全くならない 

ところで、Fig.7Bの右の棒グラフのエラーバーはどれも似たような長さだな 
偶然なんだろうが 

 

↓ 上記指摘の解説図1

 

↓ 上記指摘の解説図2




以上の説明図で示されたように、山中伸弥氏の筆頭著者および責任著者であるEMBO J誌の論文(EMBO J. 2000;19:5533-41.)のFigure 3A の真ん中のレーン(+/-)の上部のバンド画像(700bp)と、 右端のレーン(-/-)の上部のバンド画像(700bp)との間において、 

互いにバンドの輪郭や周りのノイズに、高い類似性が認められます。 

しかし、完全には一致しません。 
ただし、このような高い類似性が起こる確率は、極めて低く、この二つのバンド画像は、ある同一の画像を複製して得られた可能性が高いと推測されます。 

ドット単位で見て完全には画像が一致しない理由は色々あると思います。 
例えば、 

紙媒体の論文原稿あるいは出版物をスキャンしデジタルデータに変換したときに、二つのバンド画像のノイズに差が生まれた可能性とか、 

複製された画像(高解像度画像)を、論文投稿用に低解像度でJPEG圧縮したときに、二つのバンド画像のノイズに差が生まれた可能性とか、 

あるいは、画像編集ソフトで、意図的に二つのバンド画像が完全一致しないように細工がほどこされた可能性などです 

(また、バンド周囲の薄いノイズの一致性は低いですが、濃淡が薄い部分は、スキャン操作あるいはJPEG圧縮などの何らかの影響を受けやすいためと推測されます。その証拠に、ゲル画像の長方形の境界線周囲や、+/+, +/-, -/-, 700, 175, といった文字の周囲にもノイズが認められ、それぞれの+, -, 0 といった同じ文字同士でさえも完全に一致しません。そこで、赤線枠内の画像を拡大後、コントラストを+80上げると、二つのバンド画像の類似性がより際立ってくるのがわかります。)


これらの疑惑は、生データ(実験ノート、JPEG圧縮前の高解像度のゲル画像(フルスキャン画像)など)により解消されます。



 その他、この論文(EMBO J. 2000 Oct 16;19(20):5533-41.)のFigure 7B の右側の棒グラフの各グループのエラーバー(標準偏差)について、大きさがほとんど同じであり、不自然すぎるという指摘も上がっています。

この疑惑についても、生データの提示により解消されます。(なお、このFig.7Bのグラフの全てのエラーバーの値が同じである件に関しては、単に、エクセルなどの計算式が間違っていた(うっかりミス、honest error)可能性もありますね。)

 

↓ 2chの捏造、不正論文 総合スレネオ2のコメント511における指摘

511 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 00:05:20.32>>507 
だまされてはいけない 
>>240のFig.3Aの上には「+/+」「+/-」「-/-」という文字が並んでいる 
高解像の図でこの文字を拡大してみると良い 
3つの「+」のカタチはidenticalではないことが明確にわかるはず 
この画像は同じはずの文字がこれだけ異なってしまうような何らかの作業を経て作られている 

>>506の作業を「+」について行っても、差分は検出されるだろう 
つまり、>>506はシロであることの証拠には全くならない 

ところで、Fig.7Bの右の棒グラフのエラーバーはどれも似たような長さだな 
偶然なんだろうが 


 

コメント (2)
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山中伸弥  2ch書き込みまとめ

2013-08-08 | 山中伸弥(ノーベル賞)

まとめ

参考 → 山中伸弥氏の論文画像類似事案について

参考 → ES細胞の増殖から分化への切り換えにおける翻訳調節因子NAT1の役割

参考 → 山中伸弥氏とNAT1: 2011年12月 日本分子生物学会 若手教育シンポジウム 記事全文

『若手教育ランチョンセミナー2011 ― 研究者として独立するには? ―』

 

240 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 16:25:14.15=New= 

●EMBO J. 2000;19(20):5533-41. 
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11032820 
Fig. 3A。+/-の上のバンドと-/-のバンド。完全一致はしない。

241 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 17:10:40.81

>>240 
確かにすごく煮てる。 
でも不自然なつぎはぎの痕跡がないんだよ。

242 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 17:14:48.24

ところで当時のEMBO Jは紙原稿による投稿でしたか? 
私、EMBO Jに投稿した事も無い糞研究者なので、、、

244 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 20:54:16.91

>>240 
+/-や-/-のESが本当に出来ていたのなら 
この実験でコピペする必要は全くないと思うが

246 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 21:11:47.11

>>240 
1997 Gene Dev 
と 
2003 Nature、Cell、MCB 
の間をつないだ 
2000 EMBO J 
です 
独立直後です 

248 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 22:40:17.33

>>244 
上手くいかないならプライマー変えれば良いだけだよな 
サザンではなくてPCRだから、ヘテロがこんなに綺麗に出る必要はないし 

249 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/30(土) 22:51:14.67

簡単な実験だから学生か誰かにやらせたら捏で返されたとかそういうことかな

251 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 09:23:50.83

>>240 
うわやばくねこれ? 

252 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 09:26:59.35

>>240 
この論文の筆頭著者(コレスポ)は、Pubmed検索で調べた限り、 
この遺伝子に関する論文をこのEMBO Jの後に2つ書いている 
Genes to Cellsはラストではない 
いずれの論文もショウジョウバエなど哺乳類以外に目を向けているように感じる 
捏造だと断定するわけでは全くないが、この方が哺乳類以外に目を向けた理由は気になる 

それと、哺乳類では続報はないのか? 検索では引っ掛からないだけでは? 
この遺伝子を抑制したら例の細胞は出来やすくならないの?

255 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 11:11:58.08

>>240 
1つくらいならコピペは許されるという方向に 
日本の科学が進まないことを切に願います 

また、厳罰化でお茶を濁した霞ヶ関の官僚が猛省し、 
若手研究者の苦悩を理解しようと悔い改めることを切に願います 

257 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 11:29:00.37

>>251 
Welcome to real science world! 

258 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 11:35:28.26

>>240 
これはヤバすぎる。

259 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 12:05:41.33

>>240 
捏造一つや二つしたってノーベル賞とっちゃえば年間30億円の研究費を転がせるわけですね。 

260 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 12:15:05.10

頭の中にNHKニュース9のオープニングが流れて来た 
悲しそうな顔をしたアナウンサーが目に浮かんできた 

261 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 12:38:12.22

なんだ山中捏造してたのか。 
またラボの中国人に教えてやろう。 

262 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 15:11:02.02

>>240 
バンドが似ることはあるよ。これは捏では無い。シロだ。 
明らかに問題があるやつだけ厳選しよう。でないと本丸は安心するばかりだ。

266 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 18:35:50.11

「シロかクロで答えろ」という 難題を突き付けられ 
ぶち当たったバンドの前で 僕らはまた迷っている 迷ってるけど 
シロとクロのその間に 無限の色が広がってる 

270 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:07:25.89

山中はともかく、他の連中の仕事はもう何も信じられない 

271 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:10:57.85

これで山中さんが研究費無くなって 
タバコ吸ってるだけのバカが基盤もらうのはおかしい 

272 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:18:59.69

万能はこの論文以外は正しいのだろう 
尾形はよく知らないがこの勢いからすれば全部捏造なのだろうか 
髭は昔のは正しいのだろう

274 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:37:51.67

特定分野の医療特許で国を興隆させるという発想は危険だよ 
作れるかどうかも売れるかどうかも分からない商品のモノカルチャー 

275 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:41:23.67

>>270 
>山中はともかく、 

山中はもちろん、 

278 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:50:25.36

>>274 
そういう発想は負け犬の発想。 
政府が投資する決断を下してもらえるような研究できるようにせいぜい頑張れ。 
オナニー研究なら自分の金でやれ。 

279 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 19:55:33.94

>>278 

今まさに極端な投資の危機が目の前に現れたわけだが

282 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 20:29:12.07


EMBO Jのコピペも意義があったんだろう 
MDラボに文科の金はあげなくてよろしい 

294 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 22:09:28.11

>>287 
上のEMBO Jは状況的に同情に値しそうだが、 
この論文はいくらなんでもあまりにひどい。。。

300 :名無しゲノムのクローンさん:2013/03/31(日) 22:23:05.76

赤信号 
みんなで渡れば 
怖くない 

でもいったい 
何人の若手が 
捏造を引き継ぎ 
地獄を味わったのか 

317 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 09:18:23.14

>>284 
これはひどいな。 
コイツの全論文精査しよう。 

>>294 
なんでこのEMBOはいいんだ? 
これがいいと言える根拠を知りたい。

321 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 10:30:11.37

>>317 
EMBOはどう見てもコピペでない。こういう情報で騒ぐと 
「いい加減な情報がのっている2chだから無視すれば良い」 
という言い訳をされてしまうぞ。 

322 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 10:51:34.90

確証の持てない情報はいずれ淘汰される。 
だが、学術系カテゴリの生物板とはいえ2chの情報を過度に信用するのは 
それはそれで危険だ。虚実入り乱れる2chだからこそ、果たしてきた役割を十分に 
機能させるためには妙な責任をかぶせてはいけない。 

323 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 11:12:48.72

>>321 
このEMBOは、自分にはシロかクロか判別できないけどなあ。 
これをクロと決めつけるのはどうかと思うけど、 
なぜ「どう見てもコピペではない」と言えるのかが知りたい。 

325 :323:2013/04/01(月) 11:18:48.19

もちろん、「真っ黒についてだけ騒げ、他は黙ってろ」 
という意見なら、その意図は理解は出来る。 
自分は>>322 さんと同じで、あなたの意見には同意しないけどね。 

でも何度も書くようだけど、これが「どう見てもコピペでない」と 
自信を持って言える根拠は何ですかね?

326 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 12:17:39.41

>>325 自信を持って言える根拠は何ですかね? 
根拠は無い。でも、バンド内部の濃淡パターンや周辺の細かいシグナルはほとんど 
一致しない。だからシロ判定。 

327 :321:2013/04/01(月) 12:46:27.03

たとえば 
Nature 2008 
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18528331 
Fig. 3e: alpha-MHC 3、5列目、バンドの消去? 
みたいな、 
コントラストを挙げるとバンドが黒くなる、こういう明らかな修正 
なんかとは同列に扱えないでしょ、ということ。 

328 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 12:55:51.15

EMBO Jは立体視の要領で重ね合わせると、 
バンドの周囲のどこまでがコピペかよくわかるけどな 
ま、jpeg圧縮のお陰なのか、完全に一致しない以上、シロと言い続けてみれば 

329 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 12:57:10.03

EMBO Jはマラドーナの神の手ゴールみたいなもん 

330 :321:2013/04/01(月) 14:20:14.26

>>328 
なんか自身無くなってきた。確かに似過ぎかも。謝る。

351 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 21:07:26.50

コピペというよりも厳密に言うと同じデータの使い回し容疑だろ。 
生データを見ればはっきりするはず。しかし、低級な学問だな。 
絵日記か紙芝居だと思ってんのかこいつら。 
どうせ、古い業績はもう生データが無いのも当たり前、よって確認不可能。 
最近のデータは本当です、という結論にするだろ。それなら、後から新作 
が出て来たときどうするかも考えておかないとな。

355 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 21:11:44.62

>>351 
それを「コピペ」と言うんだと思うが 

生データは無くても、このデータの類似性から十分に追及できると思うよ。 
いろいろ考えておくのも大事だとは思うけど、 
画像の類似性、同一性というのはかなり強い証拠。

358 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 21:27:57.77

東大医学部の不祥事が続くな。 

359 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 21:35:30.46

>>358 
全部合わせてもEMBO J1つに勝てない 

364 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 22:47:39.05

>>240 
海外の新聞でもトップニュースになりかねないな 

370 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 23:16:47.23

>>240 
それって捏造する必要の無いジェノタイピングじゃん。なにより完全一致しないなら、ここに挙げるな。

372 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/01(月) 23:22:10.29

>>370 
ジェノタイピングでなぜこんなことをしなければならなかったのか、 
それをよく考えた方がいい 

375 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 00:29:40.76

>>370,372 
これがわからない。その後の世界中で再現されているiPSの大成功から考えて、Y中は疑う気になかなかなれないのだが。 

しかし、K室とT柳の東大コンビは、以前から再現性を疑う噂が俺の耳にもたくさん聞こえてきていたぞ。

377 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 01:06:03.18

>>372 
そりゃノックアウトできなかったからに決まってる 
整形外科って捏造多いのね 

378 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 01:13:18.05

>>377 
なるほど。このノックアウトマウスを使った続報はpublishされていないのかな? 
ないのなら、リクエストしてみるか(笑)?

383 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 07:52:04.53

>>377 
だとしたら、大阪大学のK澤君と同じだな

387 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 08:31:33.38

>>377 
リバイスで求められて、マテリアルがなくて、やってしまったのだろうと信じているが、 
もしノックアウトがそもそもいなかったなんてことになったら、大変だ 

首相が国会で大々的に言及して巨大予算が与えられているから、 
これは政治の話になる 
文科や京都や奈良先に正式に告発しても、 
潰され、捏造が許される悪しき先例となるだけだろう 

いやあ大変だ 

389 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 11:31:28.15

>>387 
マウスが居るかどうかはここで書き立てても意味が無い。 
気になる奴は直接リクエストして対応見るなどすればよろし。 
いずれにせよ、証拠が無いことをガヤガヤ言っても時間のムダ。 
政治の話になるとか、大学は潰すだろうとか、そんな話をここに書いて何を言いたいの? 

明白な証拠をみんなで議論できるデータ画像のコピペをもっと探そうよ。 
動機は何だっていいじゃん。科学へのリスペクトでも、成功者への嫉妬でもさ。 
科学者なんだから「証拠」付きで議論できることについて話しましょうよ。

412 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/02(火) 21:52:23.00

>>377 
Ciraの供与リストにNAT1(-/-)は入っていないが、 
そういうことなんだろうか 
信じたくない 

418 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/03(水) 00:26:55.29

>>240 
これはコピペだろう。でも、疑問がある 

まず、なぜ、画像のクオリティが重要ではないジェノタイピングで、 
こんなに解像度の高い図を載せたんだ? 

だいたい、こういうジェノタイピングはサザンでやった方が良い 
PCRでヘテロまでみるなら、プライマーペアは複数でやる方が良い 

真の捏造家なら、ヘテロの濃さをホモと同じにはしないだろうし、 
ヘテロのレーンはホモを混ぜて流すだろう

428 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/03(水) 08:40:16.29

>>240 
これはおそらくクロだ 
しかし、どれだけ小さな確率でも、偶然ということはあり得る 
一つではいけない 
他のものを見つけないといけない

435 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/03(水) 12:11:55.28

NAT1は最近も学会発表している 
ノックアウトいないなんて有り得るのだろうかね

454 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 00:20:49.09

数なんか関係ある? 
一つコピペが見つかった時点で、他の論文も信用に値しないと思うのだが。 
研究者失格でしょ。

458 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 01:01:33.44

とうとう捏造スレも末期だな。山中に言いがかりつける奴も出てくるとはね。 

捏造する奴も捏造を捏造する奴も共通するするのはモラルがないということだ。 

461 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 02:38:25.89

コピペでなくともマウスをちょっとでもやってたことがあれば 
あんなにキレイに揃わないことくらいすぐわかる。 
見る人が見ればわかる。

463 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 06:34:50.98

>>458 

>>240を説明してくれ 

467 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 08:30:53.34

>>458 
S.Y.を捏造家と書き込む奴は何年も前からいた 
もし>>240のバンドをシロと思うなら、取り立てて新しい事象は起きていないはず 

468 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 08:35:14.20

ノーベル賞を取ろうが、 
大学にお祝いの横断幕が掲げられようが、 
コピペをしたのであれば絶対に許されない 

469 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 10:46:35.41

許してやってもいいけど、なぜそうなったのか説明してほしい。

476 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 12:13:39.53

>>240はPDFだと解像度低くてシロっぽい 
画像だけをダウンロードして高解像度で見るとクロっぽい 

481 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 18:18:01.84

このスレで指摘された図みたらどれも紙に刷った雑誌からのスキャン画像っぽいんだけど 
だとしたら完全一致は(たとえコピペでも)しないような気がするがどうなんだろう 

483 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 18:29:52.56

>>481 
まあ、そりゃ古い時代の雑誌は紙媒体からスキャンするしかPDF化の方法はないからな 

486 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 20:13:08.43

>>240の図をwebから高解像度の画像をとってきて、 
photoshopで重ねあわせて見てみたけど、 
一致しないところがけっこうあった。 

目で見ただけだとバンドの形が似てるようにみえるけど、 
バンドの輪郭付近の濃さがかなり違うし、バンドの内部も濃さが違うところが複数あった。 

そもそも、>>240にも完全一致はしないと書かれている通り、 
同一ではないと判断している。 

487 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 20:47:21.48

>>486 
バンドだけではなく、バンドの上下のノイズも似ていることに着目した方が良い 
+/-と-/-のレーンのノイズを上から下まで比較すると、 
バンドの周辺部でノイズの類似度は急激に上がっているように見える 

完全一致しない以上、シロかクロかは各人の主観かもしれない 
俺はクロだと思うが、関係者はシロにしたいだろう 

488 :486:2013/04/04(木) 20:47:33.22

ここで指摘されている図が一致するかどうかを自分で確かめたい人は、 
次のページとかを参考に、photoshopを使って確かめた方がよいと思う。 

http://d.hatena.ne.jp/isp-image-d/20110328/1301291785 

 489 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 22:44:09.33名古屋市立大学のケースは詳細な報告書が公開されていて参考になると思うけど、 
疑惑対象者の1人だった助教が1stの論文でも画像の類似性が指摘されていたけど、 
画像を重ねあわせてみると一致はせず、実験ノートの記録も残っていたから、 
助教については不正は行っていないという結論になっている。 

つまり、類似性の指摘だけで一致はしない場合は、 
不正の証明にはならないってことでしょ。 

490 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 22:59:18.672年ぶりに来てみたらあんな大物が話題にのぼっていてびっくりした 
マジなのかどうか分からんが。 

491 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 23:09:53.13

>>489 
生データが残っていて、マウスがいればいいけどな 

492 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 23:20:08.81

>>488 
これを使わなくても完全一致しないことは分かる 
ただ、これを使えば、どう加工したかが推測できるかもしれないな 

493 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 23:27:40.00

+/-の上のバンドの少し下には真横に白い線が走っているな 

494 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/04(木) 23:31:51.93

バンドから染み出るノイズの向きが10個程度全部一致する確率はどれくらいかな

495 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 01:09:25.49

アラ探しばかり。不毛。

496 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 01:36:38.35

>>489 
誰かこれを言い出すだろうと思ってた 

コピペの後に一工夫加えたら無罪ルール 

497 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 02:03:00.62

ずる賢い奴はイージーなコピペはしないよ。 
一手間加えてるはず。だからこそ周囲のノイズは 
重要な証拠となる。

499 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 07:59:30.78ヘテロのジェノタイピングが同じ濃さになる時点で既に怪しいのに、 
形がここまで似ていたら… 

500 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 08:36:54.74

>>486 
バンドだけでなくレーンの上から下まで重ね合わせると 
バンドの周辺のみ類似度が高くならないかな 

501 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 09:19:34.91

>>489 
「完全に同一ではないならセーフ」なのか? 
じゃ、コピペしたバンドの周囲に 
ポツポツとドットノイズもコピペしとけばいいか。 

>>495 
どう見ても不自然だと思うがな。 
あら探しではない。


502 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 09:48:39.92

>>500 
やってみたが微妙。円形にくりぬいているようにも見えるが、そもそも印刷物をスキャンした画像で見抜くのは無理なのかもしれない。髭事件はデジタルデータが手に入るようになったからあれだけ明快に暴かれた。

506 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/05(金) 20:24:30.98

>>240の図について 

1: 該当部分を切り抜いた図。 
2: 1の図2枚をphotoshopで重ねて、最も重なった時の差分を調べた図。 
3: 2の図で重なった部分を切り出し、コントラストを上げた図(+95)。 
白に近い部分は違いが大きい部分で、黒に近い部分は似ている部分。 
4: 2の図で重なった部分を切り出し、2階調化で確認した図。 
白の部分はわずかでも異なる部分で、黒の部分は完全に一致した部分。 

1: http://uploda.cc/img/img515eaf08546dc.jpg 
2: http://uploda.cc/img/img515eaf321a5fb.jpg 
3: http://uploda.cc/img/img515eaf4f1823d.jpg 
4: http://uploda.cc/img/img515eaf6aa6b3c.jpg

 

508 :506:2013/04/05(金) 22:38:11.58

>>507 
少しでも上下左右にずらすともっと違ってしまったけど。 
まあ、疑うのならば自分で確かめて下さいとしか言いようがないけど。 

あと、拡大縮小とか左右反転とかが必要と言われれば、 
どうするのが最も一致するかは分かりません。 

少なくても単純なコピペではなく、コピペした後にかなり細かく修正しないと、 
このような図は作れないと思う。 
貼付けた後の境界線のようなものも見つけられなかったので、 
当然、境界線も分からないように修正する必要もある。 

511 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 00:05:20.32

>>507 
だまされてはいけない 
>>240のFig.3Aの上には「+/+」「+/-」「-/-」という文字が並んでいる 
高解像の図でこの文字を拡大してみると良い 
3つの「+」のカタチはidenticalではないことが明確にわかるはず 
この画像は同じはずの文字がこれだけ異なってしまうような何らかの作業を経て作られている 

>>506の作業を「+」について行っても、差分は検出されるだろう 
つまり、>>506はシロであることの証拠には全くならない 

ところで、Fig.7Bの右の棒グラフのエラーバーはどれも似たような長さだな 
偶然なんだろうが

522 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 12:17:15.80

>>240 
これはすごい 
最高のショーだとは思わんかね

528 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 13:24:31.01

>>511 
>>ところで、Fig.7Bの右の棒グラフのエラーバーはどれも似たような長さだな 

ワロタ ww

531 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 14:05:13.50

ヘテロのジェノタイピングをサボっただけなら、 
頭を下げてその時の事情と心情を正直に説明してもらえれば良いと思う 
それを反省材料に捏造対策や科学予算の健全化は進むであろう 

ただ、もしNAT1ノックアウトが実はいなくて、 
にも関わらずNAT1についてテーマを割り当てられた学生が過去にいたとなれば、大変なことになるだろう 

555 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 20:30:34.85

>>553 
コピペという意味では明らかに全部クロ 
ただ、NAT1のEMBO Jについては、ヘテロのジェノタイピングに過ぎないから、 
他の再現があるなら処分はしなくてよいレベルと思う 
他の2つは森口並のスピード懲戒解雇がなされても不思議ではないレベルと思う

559 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/06(土) 21:19:14.61もしfig3aだけ不正を行う動機を考えるとしたら、 
-/-のESクローンを探す時には拾ったクローンを並べてサザンをした。 
その結果、-/-のクローンは取れたけど、どのレーンに-/-のクローンがあるかは実験前は分からない。 
だから出来上がった図は、+/+, +/-, -/- の順には並んでいない。 
そこで、論文投稿用にfig3aの図を実験をやり直さずに作った? 

この場合、fig3aの図の元データがなくても、-/- のクローンが取れてたデータが示せればOKになるのかなあ。 

560 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 01:07:05.40ジェノタイピングで29個のNAT1(-/-)のESが取れたとされているから、 
実験ノートには29レーン分のPCRの図があるはず。 
それさえ提示があれば、このfig.3Aのコピペは追及しなくていい。 
13年前のコピペの記憶なんて無いだろうし。 
実験ノートなくても、NAT1(-/-) ESがストックされているなら、それでPCR一回やればいい。 
Representativeな意味合いが強い図だから、このコピペだけなら 
Cira崩壊とかそんなことにはするべきでない。 

ところで、マウスを扱ったことはないが、NAT1(-/-)が致死な以上、 
マウスの維持はヘテロで行い、ヘテロをずっとジェノタイピングで確認し続けるんだよな。 

561 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 01:20:30.24

>>240の論文の頃は紙に印刷した原稿を郵送して投稿してたの? 

ゲルの写真の外側をよくみると、ところどころにシミのようなものが見つかる。 
パソコン画面上でゲルの写真を貼り付けて保存した図がそのまま公開されているなら、 
ゲルの写真の外側は真っ白になるはず。 
よくみると写真の輪郭も境界線がはっきりしてないように見える。 
紙に印刷された図をスキャナーで取り込んだ図が公開されているのなら、 
文字も一致しないかもしれない。 
そうなると、画像で一致するかどうかを検討しても、シロクロ決着をつけることは無理そう。 

562 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 01:37:07.87

>>560 
要するに「結論が合ってたら図はコピペでいい」ということね。 
捏意に溢れる多くの若者が勇気づけられそうで、おめでたいことだわ。 

563 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 01:38:59.54それって、上でも書かれてた 
「元の図があったからコピペはミス、よってシロ」という結論を出した 
どこかの大学と同じような考え方だね。本当におめでたいわ。

564 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 03:52:47.40おめでたい?山中に嫉妬し過ぎて正常な判断できなくなってるやつがやはり多いのか。 

565 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 03:55:31.56googleの画像検索で、genotyping pcr と検索して出てきた画像を見てみると、 
隣り合うバンドが似ているように見えるのはたくさん出てくる。 

この程度で不正認定されたら、PCRなんてクロだらけになりそう。 

566 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 03:56:50.41

>>565 
だよな。実験ロクにやったことないやつがとやかくいうべきではない。 

567 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 05:49:58.72

>>561みたいな質問をする馬鹿が捏造を論じていることに驚愕と危惧をおぼえるwww 

569 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 13:55:28.93

>>565 
それがどの程度似ているのかは知らないけど、 
バンドの形状だけでなく、周囲のノイズパターンまで似ているのは 
そんなに多くはないんじゃないかな? 

>>566 
実験やったことがあるからこそ、 
たまたま似ているだけか、偶然ではあり得ないくらい似ているのか、 
の判断もできるのだと思うけどね。 

570 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 15:11:41.00

>>569 
文字の周囲にもノイズがついてる。 
バンドの周囲のノイズが実験の時のノイズか、 
印刷スキャンの時のノイズか、区別できるの? 

571 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 15:36:34.04

>>570 
お前は疲れている 
少し休んだ方がいい 

仮にCiraが無くなっても誰もたいして困らない 

572 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 20:48:29.30

>>571 
いいがかかりにしか見えないよ。 
このスレ全体の信頼性が大きく低下している。 

573 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 21:49:24.96

>>572 
>信頼性が大きく低下 

ステマか? 

574 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:08:12.26

>>570 
それは区別できると思うけど。 
自分で見てみたら。 

>>572 
文字コメントだけだけど、実際の画像を見て 
なぜ言いがかりなのか説明してみて。 

575 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:16:50.82

このスレの信頼性が低下するなら良いことだろ 
残念ながら、今のところ全て本当みたいだけど 

576 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:20:57.71

ノーベル賞の剥奪はさすがにないよな

578 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:27:08.78

これで捏造とか言ってるやつ研究者向いてないなあ。 
ジェノタイピングしたことないだろ。 

579 :240:2013/04/07(日) 22:31:10.08

>>578 
あるよ 

580 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:32:51.91

ノーベル賞に嫉妬か。見苦しい。 


現実的にはお前らピペドは無力だ。 
下村センセイが元気なのを見ればわかるだろ。 
死ねゴミども。 

581 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:37:48.18

あきれてるだけなのに嫉妬と勘違いされると本当に脱力する 

582 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:45:24.15

Ciraの供与リストにNAT1(-/-)のESが書いてあれば飲み会のネタ程度で済むんだと思うが… 

583 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:49:13.23

>>574 
それを区別できるような特殊な能力はもってないなあ。 

もし告発をしたら、調査をして判断をするのは大学の教員。 
科学者ではあるけど、574のような特殊能力は身につけていない人物が判断することになる。 
一般的な科学者が理解できるような根拠で説明してくれないと、 
大学が不正と認定しなくても、告発を握りつぶした悪い大学だとは思わないよ。 

584 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 22:55:05.67

>>583 
あなたは論理的におかしいと思う 
ノイズが画像処理過程で発生し得ることと、何かが画像の中で類似していることは別の次元のこと 
ノイズは画像の類似性判断の障害にはなるけど 
調査委員は生データの提示を求めて終わりだよ 
好んで握りつぶす奴なんておらんよ 

585 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 23:04:42.54

>>584 
この程度だと告発が受理されずに、調査が行われなくてもおかしいとは思わない。 
言いがかりのような告発には、いちいち付き合ってられないよ。 
組織切片が広範囲に渡って偶然類似する確率と、 
隣り合ったPCRのバンドの形が類似する確率は全然違うでしょ。 

586 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 23:14:21.53

>>585 
バンドから染み出てる突起状のノイズの向きが10個全部揃う確率は、 
ノイズの向きの定義を四方向だけにしたとしても、 
(1/4)^10=1/1000000 
調査はすべきでしょう  

587 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/07(日) 23:50:29.92

山中はどうでもいい。それより鉄門の大物二人どうにかせな。

588 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/08(月) 01:48:46.92

>>583 
何を言いたいのかよく分からないけど、 
あなたのいう「文字ですら出てくる(画像ファイル処理上の)ノイズ」と 
「バンドの周囲に出てる(実験結果としての)ノイズ」の区別はつくと思うけど。 
特殊能力はいらないし、そもそも、どうしてそのノイズがこんなによく似てるんだろうか不思議。 

>>585 
PCRのバンドでもここまで形が似るのはすごいことだね。 

>>587 
山中さんのケースがどうでもいいとは思わないけど、 
鉄門の二人の方がよりシリアスという意味では同意。

770 :名無しゲノムのクローンさん:2013/04/15(月) 21:25:45.87

>>240のEMBO Jは、対応次第で毒にも薬にもなるだろう 

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生命科学系論文の低再現性問題

2013-08-08 | 生命科学系論文の低再現性問題


バイエル社が行ったTarget-validation計画の統計によると、論文の3分の2以上が再現性が取れなかった Reliability of ‘new drug target’ claims called into question


アムジェン社(バイオ医薬品メーカー)が注目した画期的論文53本のうち、わずか6本(11%)しか再現性が取れなかった。

 

MD Anderson Cancer Centerの研究者に対する調査によると、回答者の半分以上が、論文の再現確認を試みようとしたが失敗した経験があると回答した


ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 計画において、200種以上の抗体(ヒストン蛋白修飾を抗原として認識する抗体)を検証した結果、25%以上の抗体が、認識すると宣伝されていた抗原を認識しなかった。


疑わしいデータを発表するよう圧力をかけられたことがある? → 18.6% 自分のデータは指導者の仮説を支持しないのに、その仮説を証明するよう指導者からの圧力を感じたことがある? → 31.4%

 

Is scientific misconduct increasing? Retraction rates may present more questions than answers.


Why Has the Number of Scientific Retractions Increased? Retraction Watch


Nature&Nature関連誌は、生命科学論文の低再現性の問題に対処するため、新しい編集方針を導入した。 論文投稿時に提出が義務付けられた統計や実験方法の詳細に関するチェックリスト


Nature新方針の件(aggren0xの日記) 新しい編集方針(プロ・エディット・ジャパン株式会社)

Nature Methods: Enhancing reproducibility Nature Neuroscience: Raising standards

Scientific research fraud rises as biomedical funding declines MARK ROTH - Pittsburgh Post-Gazette











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Scientific misconduct at Tokyo Medical and Dental University

2013-08-08 | 東京医科歯科大学 川上明夫

SUMMARY of scientific misconduct

 

Article No.1  → Circulation. 2003 Nov 25;108(21):2679-88.
Article No.2  → Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2005 Feb;25(2):424-9.
Article No.3  → Circulation. 2008 Aug 12;118(7):731-42.
Article No.4  → Circ Res. 2008 Dec 5;103(12):1402-9.
Article No.5  → Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2010 Nov;30(11):2242-8.


Remnant lipoprotein-induced smooth muscle cell proliferation involves epidermal growth factor receptor transactivation.

 
 


Circulation. 2003 Nov 25;108(21):2679-88. Epub 2003 Nov 17.

Remnant lipoprotein-induced smooth muscle cell proliferation involves epidermal growth factor receptor transactivation.

Department of Medical Biochemistry, Graduate School of Medicine, Tokyo Medical and Dental University, 1-5-45, Yushima, Building D-256, Bunkyo-ku, Tokyo 113-8519, Japan.

 

 
 
 



Pitavastatin inhibits remnant lipoprotein-induced macrophage foam cell formation through ApoB48 receptor-dependent mechanism.

 

Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2005 Feb;25(2):424-9. Epub 2004 Dec 9.

Pitavastatin inhibits remnant lipoprotein-induced macrophage foam cell formation through ApoB48 receptor-dependent mechanism.

Source

Department of Geriatrics and Vascular Medicine, Graduate School of Medicine, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan.
 

Fig. 1、 Fig. 4 Fig. 5


東京医科歯科大学の調査結果(平成25年4月4日)
研究不正に関する調査委員会の調査結果について(通知)の一部を抜粋
2.調査委員会による審議と結論  調査委員会は、平成24年3月12日から4回開催し、当該論文の責任著者に2回にわたる再実験の依頼を行い、提出された生データを調査した結果、以下の結論に至りました。
 なお、当該論文の当事者である川上氏はすでに本学を解雇されており、本調査委員会への協力を得られなかったことも併せてご報告いたします。

ア. 雑誌名: Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology誌 2005,25:424-429
題名: Pitavastatin inhibits remnant lipoprotein-induced macrophage foam cell formation through ApoB48 receptor-dependent mechanism.
調査結果:指摘内容①は、Fig.1左図、Fig.4A左図は同一条件で行われていることより、同じであっても問題がないとの結論に至った。
 また、指摘内容②はFig.1中央図、Fig.5E左図は明らかに違う実験であり、同じ写真の流用が疑われているが、2回にわたる再実験により、そのデータに信憑性を確認した。なお、Fig.5E左図にFig.1左図を使うところを間違えて、Fig.1中央図を使った可能性は否定できないとの結論に至った。
 指摘内容③は、Fig.4A左から2番目の図、Fig.5E中央図は同一条件で行われていることより、同じであっても問題がないとの結論に至った。
 したがって、本論文については確かに同一の図は使われていると疑われるものの、再現性が得られたことにより、得られた結果をもとにFig.1の図をErratumとしてArteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology誌の雑誌編集者に図の変更を依頼するように責任著者に指示する。

 
 

 
指摘内容①と③は同一条件であるから同一図でも問題ない結論しているが、これは間違いである。
統計解析をそれぞれの図(データ群)で繰り返すことにより、第一種の過誤(有意差がないのに差があるとしてしまう確率)が増加してしまう。

指摘内容②に関しては実験条件が違うので明らかな画像流用であるが、これはおそらく川上明夫氏の研究不正行為によるものであろう。2回の再現実験の結果、再現性が認められたのでErratumを出すよう指示したという結果は評価できる。川上氏は既に解雇されており調査への協力が得られないで仕方ない。




 
 
 

Toll-like receptor 2 mediates apolipoprotein CIII-induced monocyte activation.

 

Circ Res. 2008 Dec 5;103(12):1402-9. Epub 2008 Oct 30.

Toll-like receptor 2 mediates apolipoprotein CIII-induced monocyte activation.

Department of Geriatrics and Vascular Medicine, Tokyo Medical and Dental University, Japan.

 
 

 
 

Notice of Retraction

The authors of the following article have requested that it be retracted from publication in Circulation Research:
Kawakami A, Osaka M, Aikawa M, Uematsu S, Akira S, Libby P, Shimokado K, Sacks FM, Yoshida M. Toll-like receptor 2 mediates apolipoprotein CIII–induced monocyte activation. Circ Res. 2008;103:1402–1409.
The corresponding author, Dr Akio Kawakami, admitted to the editors to improperly handling the collection and presentation of data in this article such that the authors can no longer verify the authenticity and accuracy of the data presented. These errors include, but may not be limited to, the blots in Figure 2A, Figure 4D, and Online Figure III originating from unrelated experiments of the corresponding author, and the incorrect reporting of “n” in Figures 5 and 6, which are less than indicated. As such, data in those figures are not verifiable.
All co-authors involved in this study other than the corresponding author, Dr Kawakami, had no knowledge of any scientific impropriety related to the collection, analysis, or presentation of data in this article. Dr Kawakami takes full responsibililty for this.


 
 
 
 

Apolipoprotein CIII induces monocyte chemoattractant protein-1 and interleukin 6 expression via Toll-like receptor 2 pathway in mouse adipocytes.

 

Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2010 Nov;30(11):2242-8. Epub 2010 Sep 9.

Apolipoprotein CIII induces monocyte chemoattractant protein-1 and interleukin 6 expression via Toll-like receptor 2 pathway in mouse adipocytes.

Source

Department of Geriatrics and Vascular Medicine, Tokyo Medical and Dental University, 1-5-45 Yushima, Bunkyo-ku, Tokyo 1138519, Japan.



Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology.2012; 32: e22

Notice of Retraction

The authors of the following article have requested that it be retracted from publication in Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology:
Abe Y, Kawakami A, Osaka M, Uematsu S, Akira S, Shimokado K, Sacks FM, Yoshida M. Apolipoprotein CIII induces monocyte chemoattractant protein-1 and interleukin 6 expression via toll-like receptor 2 pathway in mouse adipocytes. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2010;30:2242–2248.
The corresponding author, Dr Akio Kawakami, reported to the editors his concerns related to the authenticity and accuracy of the data presented in this article. Because the number of experiments was inflated in some studies, and the corresponding author presented some data from unrelated experiments, the results are not verifiable. All co-authors involved in this study other than the corresponding author had no knowledge of any scientific impropriety related to the collection, analysis, or presentation of data in this article. Dr Kawakami apologizes for any adverse consequences that may have resulted from the article's publication and any inconvenience and wasted effort that this may have caused the scientific community and readers of the journal.

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