社会問題になりつつあるネット上の画像データなどの拡散問題。【そして誰もいなくなった最終回】大手コンピュータシステム会社「株式会社L.E.D」に勤める研究者の藤堂新一は、それらデータをすべて消去することができる画期的なソフト「ミス?イレイズ」を開発し、一躍脚光を浴びた。容姿端麗、頭脳明晰、家族や友人、恋人にも恵まれ順風満帆の生活を送る藤堂新一。ところが結婚を間近に控えたある日、突然会社から「お前は『藤堂新一』を名乗って潜り込んだ偽物ではないか？」と、あらぬ疑いをかけられ、婦女暴行事件で逮捕された同姓同名の男に自分の名前と人生を丸ごと乗っ取られてしまう。
藤原竜也-本作主人公。【そして誰もいなくなったネタバレ】大手コンピュータシステム会社「株式会社L.E.D」のシステム開発研究員。仕事も順調で友人や恋人にも恵まれ、順風満帆な人生を送っていた。しかし、「Miss.Erase（ミス?イレイズ）」というソフトを開発した後、藤堂新一という同姓同名の男が逮捕されたことをきっかけに人生が崩壊していく。幼いころに父を亡くし、母?万紀子に女手一つで育てられた。出身は東京だが、センター試験の日に熱を出し、東大に行く点数が足りずに新潟の大学へ進学した。
大学卒業後の進路については「就職」を考慮していたが、卒業直前に大学院への進学に変更し、その後再び「就職」を選んだ。斉藤の死後、何者かによって「白い部屋」に軟禁され、その部屋に置かれていたスピーカーに流れる音声から、信頼していた上司や同僚等の「嘘」と「裏切り」を知って絶望する。その後、自身を軟禁した人物からとあるビルの屋上に誘導され、「その場で私に撃たれるか、自ら飛び降りるかを選べ」と迫られる。両方の選択肢を拒否した新一は、自分と同じくパーソナル?ナンバーを持たない瑛治、君家、馬場と共に、第三の選択肢として提示された「世界を孤独にする」為の計画に半ば強引に参加させられ、自分を裏切った者達への「復讐」を開始する。「復讐」の手始めとして、万紀子達の携帯に「Miss.Erase（ミス?イレイズ）」をデータ削除ウイルスとして組み込んだメールを送り、更に、人体に無害で電気系統の機器にのみ作用する「停電爆弾」とドローンを利用し、国が管理している個人情報やパーソナル?ナンバーに関するデータを「Miss.Erase（ミス?イレイズ）」で消去するための計画に着手する。しかし瑛治の裏切りにより計画は破綻、鬼塚ら警察に追われるが小山内に助けられ彼からボイスレコーダーを受け取る【そして誰もいなくなった感想】。
瑛治や砂央里の安否を確かめるべく瑛治の部屋へ行き、そこで母万紀子から一連の事件の話を聞き、万紀子の実家へ向かう。そこで瑛治が自分に復讐を企てていたことを知り、瑛治に自分を殺せと言われたがそれには応じず瑛治と万紀子の最期を看取ることとなる。その後警察の取り調べを受けたのち解放され、早苗と再会した。