生物統計にせよ，生物情報学にせよ，これだけすごいスピードでどんどん同じようなツールや手法が開発されている現状だと，どれが一番いい手法なの？ って聞きたくなりますが，少なくともベータ多様性（というか非類似度）の計算においては，オールマイティーの方法なんてありません．誰か偉い人が推薦しているとか，たくさん論文があるとかいう理由で盲目的にひとつのツールだけを使うのはもはや科学じゃありませんね．あとは自分で何もコードをかかずにお手軽にＧＵＩでポチポチクリックすれば結果が出るなんて，甘すぎます．そんなの小学生でもできます．やめましょう．いろいろ複数の指数を同時に試すというのが重要かと思います．数々のレビュー論文などありますが，私の中では以下の論文が一番です．特に図5が秀逸ですよ．
Marti J. Anderson et al. (2010) Navigating the multiple meanings of beta diversity:a roadmap for the practicing ecologist. Ecology Letters
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1461-0248.2010.01552.x/abstract
