ssh Cygwinメモ

ssh でユーザー名指定
ssh -l user_name -X ip_address


さて、cygwinを初起動してxterm &としてもエラーです。
xterm Xt error: Can't open display
xterm: DISPLAY is not set

.bashrcに以下を追加

if [ -n ${DISPLAY} ]; then
export DISPLAY=localhost:0.0
fi

cygwinのデフォのx window（使いにくい気がする）のほかにx windowをインストール
Xming

multiple alignmentメモ

Clustalw-mpiでも遅いし、メモリーを食ってうまくいきません（５０００個ー１６０００個）。

MUSCLEという別のアルゴリズムのソフトを
とりあえずマックで試すも超はやーい（５０００個の場合）。

Rメモ

Win版ためしたりOSX版ためしたり悪戦苦闘．


エクセルからのデータ読み込み
OSXでは、シートが複数あるexcelファイルからの直接の読み込みはうまくいかない。
コピペでやるか, シートが一つだけのcsvファイルをつくって read.csvで読み込むのが早い。

ライブラリの探し方とRの初期設定
.Rproflieというファイルを使って初期設定。
パッケージインストーラの使い勝手はWinとOSXで一長一短。OSXではCRANサイトを初期設定後どうやって変えたらいいのかわからないけど、ライブラリ一覧取得後は欲しいライブラリを検索できる．

Tree diversity analysis
このサイトのBiodiversityRという多変量解析用のGUIライブラリを使うためのマニュアル兼教科書的なpdfファイルがすばらしい。このGUIの挙動はWinXPでの方が軽い気がする。とくにグラフィック出力の挙動がOSXでいまいち。しかし、バージョンの違いかも。

そして、OSXでは、BiodiversityRを使うとき、複数シートのexcelファイルから、群集行列と環境行列を一括で読み込むことはできません。ひとつずつcsvで読み込めばいいだけ。

追記：
＊進化距離を反映した群集の多様性を評価するために、phylogenetic community structureってやつですか、
picanteというRのライブラリをインストール
＊Mac,LinuxともにClustalW, Xをインストール。ClustalXは無駄に重い。linux用には clustalW-mpi というマルチコア並列計算用のパッケージもある。ついでにRも。llinux用のGUIが見つからない。がーん。

PC設定メモ

ASUSのデスクトップPC
（１）WinXPをインストール
（２）ASUSのサポートCDからマザーボードのdriver, LAN driver, Display driver等をインストール　デバイスマネージャーで？がでないようにする
（３）モニターを二つつないでモニター設定し直す

コンピュータいろいろ

今週は、コンピュータを少しいじりました。ワークステーションのubuntuにLAPACKを導入。Numerical Recipe in Cに、「固有値計算だけは、既存のパッケージを使いましょう」みたいに書いてありました。まだ使い方がわからないけど、いちおうサンプルプログラムは走る。これで周期解の局所安定性が調べられます。

Klausmeier (2008) Floquet theory: a useful tool for understanding nonequilibrium dynamics. Theoretical Ecology

実は、修論で自分でやってたことを思い出してappendixを読み直すとたまたま解析的にできる場合で安定性を調べていました。

Miki & Yamamura (2006) Effects of asynchronous fluctuations in DOC supply and bacterial growth on biodegradation efficiency. Ecological Modelling

引用してくれたらいいのに。自分でも忘れてたけど。

これで、季節環境下でのDFEへの病気の侵入条件が調べられます。

来年度から来る学生の計算機環境をうだうだ考えているのですが、重い計算はワークステーションでいいとして、個人のlinux環境をどうするかが問題で、OSXにするか、Windowsにするか迷いどころでしたが、初めてCygwin/Xを自分のノートパソコンに入れてみて、別にマックじゃなくていいことを実感。これは常識かもしれませんが。インストールで必要なのは、inetutils, openssh, emacs-X11(文字化けするので失敗、uninstall), xterm, xemacs standard package (でも、エディターはTeraPadがやっぱりいいかも), gnuplot, gcc他コンパイラー, あとoctave。あとから、パッケージを追加インストールしようとすると、なんかうまくいかなくなる時もあって、２回ほどやり直しましたが、なんとか成功です。OSXでもバージョンがちょっとちがうだけでX11の挙動が変わるので微調整が必要なので、Cygwinの方が楽ですね。マックの方がWindow表示もフォントも比べようもなく美しいんだけどなー。どうしよう。