台灣で數理生態學と妄想

翹首望東天, 神馳奈良邊. 三笠山頂上, 想又皎月圓. 明日できることは今日しない

メタのこと

2012-05-27 19:21:10 | 研究

円城塔の「後藤さんのこと」をBleeze Centerの紀伊国屋で君に届けの最新刊といっしょに買って幸せな気分になりながら帰りのバスの中で読み始めた。不覚にも笑ってしまった。そして、字がカラフルすぎて目がチカチカする。

円城塔さんといえば、最近知人に教えられたのだが、日本物理學會誌に「ポスドクからポストポスドクへ(PD2PPD)」という文章を2008年に掲載していたことを知った。

http://ci.nii.ac.jp/naid/110006825822

さすが小説家という感じの軽やかな文体でオブラートに包んでいますが、同じ業界に属する若者が読めば、彼の言わんとするところが頭と心に響くと思われる。

話は変わって、前にもブログに書いたが、生態学の訳語が気になって仕方がない瞬間が月に一回くらいあり(そういうのは気になって仕方がないとは言わないわけだが)、その瞬間がまたやってきた。とくに、metapopulation/metacmmunity/metaecosystem に含まれるmeta-を安易に「メタ」と訳すことについてとても気になる。メタ小説やメタデータという言葉もあるけれども。

metaphysicsをメタ物理学ではなく形而上学と翻訳した先達には頭が上がらない。誰が訳したのか調べる手間を惜しむところがグダグダで情けなく、形而上学自体もよくわからないのだが、おおざっぱに自然科学(自然哲学)を含まない哲学(もしくはその一部)であると理解すれば、形而上学と物理学とが互いに独立であるとは言わないまでも(連続であるとしても)別の階層の問題を扱っている雰囲気がある。

では、メタ個体群はどうか? 私には、複数の個体群が集まったものとして理解するほうが、個体群の一つ上の階層として理解するよりしっくりくる。言い換えれば、individualとpopulationの関係に近い感じがする。この両者は扱う階層が違うとはいえ、前者の理解には後者の理解が欠かせないし、後者の理解にも前者の挙動が重要であるという意味において、フィードバックがかかっている。前者を「個体」と呼び、後者は「メタ個体」でも「超個体」でもなく、「個体群」もしくは「集団」と呼ぶ。であるとすれば、metapopulationは、「個体群群」もしくは「個体群集団」と呼べないだろうか?同じく、metacommunityは、「(生物)群集群」と呼べないだろうか? 音感としては、「ぐんしゅうぐんぐん」と呼びたいところではある。すくすく、ぐんぐん、みたいな感じで、粉ミルクでしょうか。群集群は、山本山っぽくてよいんじゃないだろうか? だめですか。台湾でなら、「群集の群」みたいに「の」を入れるとチャーミングかもしれない。 くだらないことばかり言わずに形而上学の例に戻るとすると、形而上学は、形而上学であって「物理学群」としての、あるいは、物理学を物理するといった意味での、メタ物理学ではないだろう。だが、metapopulationは「個体群」群なのではないだろうか。

まあ、ここでぐだぐだ言っても始まらない。そもそも「言葉」や「言語」に興味があったら、理学ではなく、文学や哲学についてもっとまじめに勉強しただろうし。したがって翻訳には興味があるが躊躇してしまうところではある。形而上学や自然哲学が分離していなかった時代の学者はほんとにすごいと思う。現在ではそうはいかない気がする。

たとえば、(といってここで話が飛ぶが)、自然現象よりも数学がつくりだす「世界」に第一の興味があって学部や学科を選んだような、数学畑の人がつくる「数理モデル」には、物理や生物のひとの作るモデルと比較して、ときどき違和感を感じる。「あなた、自然よりも数学が好きなわけでしょ? どうせ現象には興味がないんでしょ、数学の目で現象をみるって何さ、っけ。」みたいな。(これは某M大学のプログラムを批判しているわけでは決してありません。共同研究や研究集会では大変お世話になっておりますし。ツンデレだと理解してください)

生物学者がつくるモデルも数学者や物理学者から見たら、それぞれのよって立つところのプライドみたいなところから、なんか小言のひとつでもいいたくなるでしょうね。お互いツンデレなだけならよいのですが。もっとやっかいなのは、「数理生物学者」なるものが(存在できるとして)つくる数理モデルですね。数学サイドからも生物サイドからもつまはじきにされるかもしれない。つまはじき、というか、的外れというか。絶妙な手際の悪さで、かゆいところに一手とどかないというような。これはツンデレとかいう呑気は話ではなく、実際のところそうです。自分の研究もそうです。とても親切な他分野の方から指摘していただける時もあるし、自分で後から(論文が世に出た後で)気づくこともある。それに気づいたときはぞっとします。気づけばまだいいものの、ずっと気づかずにいる可能性を思うをぞっとします。つまるところ「数理科学」ってなんですか。

さて、「言葉」つながりで小説の話にもどりますが、言葉を大事にする作家が好きです。あるいは、本を読むのが好きなんだろうなー、文学好きなんだろうなー、という感じの人です。たとえば、三浦しをん(年が近くても直接会う可能性のない有名人、学者などは呼び捨てが適当かと思います)とか、森見登美彦とか。三浦しをんさんはどうやら漫画も好きなようですが、最近では、「舟を編む」という、国語辞典編纂にかかわる人々についての小説がすばらしいです。連続して二回読んでしまいました。 

小説なんて読みません、漫画しか読みません、とかいう小説家がいたら(ほんとにいるかどうか知りませんが)、もう、あほか、とか思ってしまいます。ただし、マンガとかアニメとかをチェックしない小説家も残念な気がします。ファンタジー小説家であるところの村上春樹は、マンガとかアニメとかチェックするのでしょうか。1Q84、私は大好きといってもいいですが、ふかえり、というキャラにはがっかりです。エヴァンゲリオン後の、綾波の皮をかぶったキャラの大増殖現象をもしも知っていれば、恥ずかしくてそんなキャラ登場させないのではないでしょうか。「世界の終りとハードボイルドワンダーランド」を読んだ時の衝撃をもう一度味わいたいです。お願いします、ハルキさん。

あ、最後に哲学に話を戻しますが、高橋 昌一郎の「感性の限界―不合理性・不自由性・不条理性」という新書、たいへんおもしろいです。

というわけで、個体群群、群集群、どうでしょうか。

 

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練習2

2012-04-28 18:08:23 | 日常

ぜんぜんうまくならないな。でもちょっと線が滑らかになってきた。

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ワコム、練習

2012-04-22 18:38:48 | 研究

楽しい日曜日。

 

 

 

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眼が曇る

2012-03-24 23:53:00 | 研究

科学には「認識科学」と「設計科学」があるそうです。

たとえば、

http://www.chikyu.ac.jp/rihn/mezasumono/index.html

http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-18-t995-60-2.pdf

この二つが織物のように組み合わさって文明を豊かにすることでしょう。

文明を豊かにすることとは、より多くの欲を満たすということかもしれない。

認識科学と設計科学はそれぞれ、世界を知りたい、世界を変えたい、という人の持つ根本的な共通した欲を満たすもの(であるべき)。

しかし、別の種類の欲もある。CNSに論文を載せたい。賞をとりたい。ほめられたい。最先端にいきたい。有名になりたい。勢力を拡大させたい。ボーナスがほしい。研究費がほしい。もてたい。このように科学という手段を使って自分のためだけの欲をみたす、自分のための科学とも言えそうな「利己科学」は、周りの科学者も道連れに欲の連鎖を招いて美しい織物を蝕み、やがて糸くずへと戻してします。

自分が「利己科学」全開にならないよう、そして周りからのそういう空気にあてられないよう、心して生きていこうと思うこのごろです。

 

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生態学会でシンポジウムします

2012-03-14 23:38:23 | 研究

懇親会の翌日の朝という、酒飲みにはつらい時間帯ですが、シンポジウムをやります。

日台の共同研究をはじめたいと考えてらっしゃる方はぜひお越し下さい。

EAFES Symposium ES07 -- 21 March 9:00-12:00 Room A

Response of populations and trophic interactions to climate changes: terrestrial vs. aquatic systems and temperate vs. tropical regions

Organizers: HSIEH, Chih-hao (National Taiwan Univ.), MIKI, Takeshi (National Taiwan Univ.)

Climate change is one of the most important drivers of biodiversity loss and change in population, community, and ecosystem services. We aim to better understand commonalities and singularities of ecosystem responses at the level of (1) primary producers, (2) producer-consumer interactions, and (3) biodiversity in the communities between different climatic regions (temperate vs. tropical) and different ecosystems (aquatic vs. terrestrial), through five speakers from Taiwan and Japan. We will also invite Dr. DOI Hideyuki (Hiroshima Univ., Japan) and Dr. CHEN I-Ching (Academia Sinica, Taiwan) as commentators to facilitate a discussion for launching comparative ecosystems studies between Taiwan and Japan.

[ES07-1Introduction: Regional variations of climate in Taiwan and Japan Miki*T (Natl. Taiwan Univ.)

[ES07-2] Decoupling between phytoplankton biomass and production is determined by zooplankton grazing control in Feitsui Reservoir, northern Taiwan Chang C-W, Shiah F-K (Natl. Taiwan Univ., Academia Sinica), Wu J-T (Academia Sinica), Hsieh*C-H (Natl. Taiwan Univ.)

[ES07-3Broad-scale variation in biodiversity and functions of seagrass beds along the Pacific coast of eastern Asia  Nakaoka*, M (Hokkaido Univ.)

[ES07-4The mechanism of marine ecosystem regime shift in the Kuroshio Extension region: Wind off Hawaii and sardine fishery in Japan Saito*H (Fisheries Research Agency)

[ES07-5Latitudinal variation in plant-animal interactions in salt marshes Ho*C-K (Natl. Taiwan Univ.), Pennings SC (Univ. Houston)

[ES07-6Simulated warming effects on plant-insect interactions in a cold temperate region Nakamura*M, Nakaji T, Hiura T (Hokkaido Univ.), Muller O (Colorado Univ.)

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翻訳語

2012-02-25 16:01:37 | 研究

生態学の外来語、

明治時代を見習ってちゃんと翻訳できませんか?

functional response: 「機能の反応」なんて、なんという直訳。"functional"ってほんとに「機能の」って意味ですか?"functional trait" =「機能的特性・形質」のときと明らかに意味が違うような。

reaction norm: 「反応基準」にいたっては、ほぼ意味不明。

sampling effect, complementarity effect

ecological resilience, regime shift, feedback loop

trophic cascade, bottom-up, top-down, trophic module

などなど。

あとは、meta-なんとかって、メタほにゃららってするしかないんですか?

だとするとmetaphysicsはメタ物理学ですね。メタ物理学ってなんやねん!

 

でも本当の訳は・・・

 

 

 

「形而上学」です。 天才翻訳家か!!

カタカタのまんまでいいやん、っていうのやめましょうよ。

台湾でも専門用語は英単語のまんま。しかも発音がいい。かっこいいけど、かっこわるいのか、かっこいいのか。あと、みんな"Anyway"ってそのまま使う。中国語に該当する単語がないとか。

翻訳を円城塔さんに頼みますか?

 

円城塔さんと言えば、Self-Reference ENGINE 面白かった。

関連して

伊藤計畫さんの

虐殺器官もハーモニーも秀逸でした。

ハーモニーは落ちに感動しました。最近読んだ生態学・進化学の論文のどの落ちよりも面白かったです。

 

 

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もうすぐ学期末です

2012-01-11 08:27:28 | 研究

やっとこさで学期末です。

1/16−2/28で日本に帰りますのでみなさん遊んで下さい。

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口頭発表

2011-12-16 20:28:44 | 研究

これから、卒論/修論/D論/学会発表の季節ですね。

みなさん、口頭発表で不特定多数に見られているというリスクを過小評価し過ぎです。

1.原稿を読みながら発表する

(透明の原稿見ながら演説していいのはアメリカ大統領だけです、ほんとに忙しいんです、たぶん)

2.パワポの発表ツールを当てにしてメモの部分の原稿に頼り切る

(発表ツールは半分以上の確率でプロジェクタ認識に失敗します)

3.外国人がいる所で日本語で発表する

(おねがいだから日本人研究者の価値を貶めるのはやめてください)

3をするなら、「これから私は日本語で発表するから、大変申し訳ないがちょうどいい休憩時間だと思って、外でお茶でも飲むか、散歩でもしてきて下さい」と言うべきです。

1、2の何が悪いのかという意見もあるでしょう。しかし、これは単に準備不足ということだと私は思います。貴重な時間を割いて聴きにきている人に対して失礼です。原稿読んでるのはバレてます。そして実際問題として、原稿は棒読みになりがちで、伝えたい内容は伝わりません。それだったら感情をこめた朗読を録音・再生して、口ぱくで発表したらいかがでしょうか。学生が学会で日本語原稿棒読みしたら、「え?っ」て思いますよね。英語でも同じです。でも英語なら許されるかもと思っている人が多いです。日本語原稿が残念ならば英語原稿でも残念です。日本語原稿が没問題なら英語原稿もまた没問題です。

スライドを見ながら考えながらしゃべりかつ時間内に終わらせるという高度な技が使えないならば、しっかり原稿を用意し、それを何回も練習して覚えるしかありません。スライドを移るときのつなぎ言葉も覚えるしかありません。特に英語の場合は、脱毛加速もしくは白髪増殖覚悟で泣きながら練習を繰り返すしかありません。しかもその努力も水の泡、本番では練習し過ぎと緊張し過ぎにより早口になり、結局内容は伝わらないという残念な感じで終わることが多いですorz(自分もずっとこれが続いています)。しかし、それは発表の「失敗」であって、「準備不足」ではありません。英語が下手とか、詰まるとか、どうでもいいです。それは発表のうまい下手の問題に過ぎません。「ちゃんと準備してきました、それでは聴いて下さい」という態度が重要だと思います。 CD音源よりも歌や楽器が下手なことがわかっていても、好きな歌手ならライブに行きますよね? それといっしょです。感動するかどうかの問題です。

すごく自己中なことを言えば、台湾の学生と日本の学会にいっしょに参加するときに、1−3みたいな発表に次々出くわしたら、他人事ですが泣きたくなります。学生たちに、「アメリカなんぞ地の果てに行かなくても日本にだってすばらしい留学先・ポスドク先はあるんだ」って言えなくなります。「だって、ぐだぐだじゃん日本人、もうオワコン」って。具体的には、なんとか生態学会となんとか陸水海洋学会ですよ。お願いしますよ、皆さん。ガツンといいとこ見せて下さいよ!! 特に宮地賞とかもらう人、集会とか企画する人。台湾(中華民国)・中華人民共和国・大韓民国からの参加者がみんな見てますよ。京都滋賀の古寺めぐり・琵琶湖博物館めぐり・草津酒蔵めぐりよりも学会会場にいてよかった、食べ物の値段2倍だけどまた日本に研究しに来ようかな、と思える感動をください。

最後ですが、同じ内容の発表を何度もするときでも、間隔が空いているならスライドの使い回しはやめたほうがいいです。とくにイントロはその度ゼロから作る方がいいと思います。とくに発表内容がまだ論文になっていないなら、発表のたびに新しいストーリー展開を考えるのは、論文のためのいいストーリー展開を見つけるよい機会です。

 

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並列化メモ

2011-10-15 09:36:19 | 研究

生態系のODEモデルで、二つのパラメータの値を変えたときのモデルを長時間走らせた後の結果を、2次元のcontour plotにしたいときなど、
それぞれのパラメータの組み合わせ間では計算は独立なので、どうせなら並列化して複数のコアを使って計算時間を短縮したい。
二つのパラメータを徐々に変えて行く時、内側のループだけOpenMP を使って並列化したい。
OpenMPは勝手にスレッドを作ってくれるけど、問題は、ちゃんとどの変数をスレッド間で共有するかしないかを指定すること。

OpenMP入門マニュアル

http://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/system/library/OpenMP/openmp0109.pdf

オプション -fopenmpでコンパイルする (gcc OSX)
オプション -openmpでコンパイルする (icc Linux)

#include

double a, b, c;

//global変数の一部をprivateにする、ただし、OSXではコンパイル時に”threadprivate variables not supported in this target”というエラーが発生して無理。Linuxではうまくいく。
#ifdef _OPENMP
#pragma omp threadprivate(b)
#endif

int main(int arg, char *argv[])
{

double *v;
double *out;
double t;
int j, k;

out = d_vector(10);
for (j = 1; j <=10; j++) {

a = j*1.5;

#ifdef _OPENMP
#pragma omp parallel for private (k, t, v) //直下のfor loopを並列化、メモリを共有しない変数を指定, ループに使うkは指定しなくても自動でprivate化される。内側のループのtは共有化されないようにprivateに指定する
#endif

for(k = 1;k <= 10; k++) {

b = k*2.0;
v = d_vector(10);               //これでいいのかな?
for(t = 0; t <= 100;) {

rk4(v); //ODEを解く
t += deltat;

}
out[k] = v[1];
free_d_vector(v);

}
for(k = 1; k <= 10; k++) printf(.... , j, k, b, out[k]);  //上のfor loopではkの順に結果が出る訳ではないので、データの出力は別のループを用意


free_d_vector(out);
return 0;

}

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日本の天気が台湾ぽくなってきた件

2011-09-17 06:52:50 | 日常
先日紀伊半島を襲った台風もそうでしたが、こんどの台風も沖縄付近に停滞するようですね。

台風が丸一日以上、たとえば同一市内に停滞し続けるような現象は台湾では数年前からよくあります。

また日本ではゲリラ豪雨というのがあるんですね。経験したことないのですが、道路やトンネルが冠水していますね。

台北では夏の時期、短期的な集中豪雨が3日に2日はありますが、たぶん冠水とかは起きていないはずです。地面からの水の跳ね返りが激しすぎて傘が役に立たないので、外には出れなくなりますが。

これらの現象には、台湾政府や気象庁が経験を積んで、天気予報や避難指示、都市計画などに活かしているのではないでしょうか。

そこらへんを日本の担当の方も研修などで台湾に行き、学ぶことができるのではないでしょうか。
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