グラフ理論
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E7%90%86%E8%AB%96
ARACNe
http://amdec-bioinfo.cu-genome.org/html/ARACNE.htm
http://amdec-bioinfo.cu-genome.org/html/caWorkBench/doc/BMC%20ARACNE.pdf
ベイジアンネットワーク
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%99%E3%82%A4%E3%82%B8%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF
http://staff.aist.go.jp/y.motomura/paper/BSJ0403.pdf
Master regulator analysis (MRA)
http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Tutorial_-_Master_Regulator_Analysis
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
http://www.broadinstitute.org/gsea/
