特許明細書の日本語は、原則として句読点（「、」「。」）を用いて構成しています。一方、発明者が執筆し出願人知財部で明細書を完成して持ち込まれる原稿のなかには、コンマ、ピリオド（「，」「．」）を用いたものが時々あります。
聞くところによると、学会誌の原稿は、句読点ではなくコンマピリオドが指定されており、そのため研究者はコンマピリオドで原稿を執筆する習慣があるとのことです。
また、われわれになじみが深い吉藤幸朔著「特許法概説」は、「，」と「。」を用いて表現されています。著者の吉藤氏は特許庁審査官の出身です。
明細書には【０００１】から始まる連番の段落番号を付すことになっています。通常、パソコン出願支援ソフトによってこの段落番号を自動的に付与します。私が使っているパソコン出願支援ソフトでは、「。」−改行−「全角空白」がこの順序で出現したときに段落番号を付与するロジックになっています。従って、持ち込まれた原稿がコンマ、ピリオドで記載されていたとき、最低限ピリオドは「。」に修正する必要があり、そうしていました。しかし、コンマ（，）を「、」に変更するまではしていませんでした。
あるとき、以下のような拒絶理由通知を受けました。
「『，』は日本語として適切でなく、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。」
もちろん、これ単独の拒絶理由通知ではなく、別に特許法第３６条第６項第２号を指摘され、併せて上記指摘があったものです。
それにしても、特許庁はそのような考え方をしているということですね。
以後、出願人が明細書を完成して持ち込まれた原稿についても、「，」をすべて「、」に修正して出願明細書とすることにしました。
聞くところによると、学会誌の原稿は、句読点ではなくコンマピリオドが指定されており、そのため研究者はコンマピリオドで原稿を執筆する習慣があるとのことです。
また、われわれになじみが深い吉藤幸朔著「特許法概説」は、「，」と「。」を用いて表現されています。著者の吉藤氏は特許庁審査官の出身です。
明細書には【０００１】から始まる連番の段落番号を付すことになっています。通常、パソコン出願支援ソフトによってこの段落番号を自動的に付与します。私が使っているパソコン出願支援ソフトでは、「。」−改行−「全角空白」がこの順序で出現したときに段落番号を付与するロジックになっています。従って、持ち込まれた原稿がコンマ、ピリオドで記載されていたとき、最低限ピリオドは「。」に修正する必要があり、そうしていました。しかし、コンマ（，）を「、」に変更するまではしていませんでした。
あるとき、以下のような拒絶理由通知を受けました。
「『，』は日本語として適切でなく、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。」
もちろん、これ単独の拒絶理由通知ではなく、別に特許法第３６条第６項第２号を指摘され、併せて上記指摘があったものです。
それにしても、特許庁はそのような考え方をしているということですね。
以後、出願人が明細書を完成して持ち込まれた原稿についても、「，」をすべて「、」に修正して出願明細書とすることにしました。
「，」は駄目って、重箱の隅をつつく審査官ですね。少なくとも、特許庁の公式見解では無いと思います。
仮に、私が審査するなら、そんな６項２号は出せません。出願人に無用の反発をさせるだけだし、審判や裁判所も支持しないと思うからです。
文法上の瑕疵であっても、特許を受けようとする発明を特定することが困難にならなければ、６項２号違反には該当しないことは明らかです。せいぜい、発明の特定に影響の無い些細な誤記という扱いになるでしょう。
文法上の些細な瑕疵が駄目なら、業界特有のクレーム表現、「・・・のＡ装置において、○○を特徴とするＡ装置」等も厳密には文法的に変なので使用できなくなりかねません。
さらに、学会誌等で「，」が普通に使われてるという事実があれば、日本語表現の一つとして許容されると思います。
他の記載不備は修正して、「，」については６項２号には該当しないと、意見書で反論して終わりで良かったのではないでしょうか。
もっとも、その審査官もその理由で拒絶査定をするつもりではなく、気になったから、ついでに指摘しただけなのかもしれませんが。
横書きの文書では、「，」を用いるのが正式というのを聞いたことがあるように思います。
「，」が日本語として不適切という指摘は、周囲に聞いてみると結構受けたことのある人が多いようです。従って、そのように考える審査官が決して少数ではないようなので、出願する側の予防措置としては「，」を使わない方が安心ですし、指摘を受けたときは素直に従っておくのが得策であるとは思います。
初めてそのような拒絶理由を受けたときはさすがにびっくりしましたが。
判決については気が付きませんでした。
私の手元にある判決で見る限り、確かに最近の判決は「，」を使っていますね。
昔の判決は「、」ですが、「縦書き時代は『、』、横書き時代は『，』」という単純な図式になっているかどうかまでは確認できませんでした。何しろ自宅では縦書き時代の判決を含めてすべて横書きで保有しているので。
７日に出勤したら、特許庁に電話で確認してみましょう。
「(2) 1及び2以外の事項は，「公用文作成の要領」(「公用文改善の趣旨徹底について」昭和27年内閣閣甲第16号依命通知)による。」
http://www.bunka.go.jp/kokugo/main.asp?fl=show&id=1000005544&clc=1000000068&cmc=1000005514&cli=1000005532&cmi=1000005540
とあります。この文により、句読法については「公用文作成の要領」に従うべきというのが政府見解であると解釈できます。
そして「公用文作成の要領」では、
＜注＞
2. 句読点は，横書きでは「，」および「。」を用いる。
事物を列挙するときには「・」(なかてん)を用いることができる。
http://www.bunka.go.jp/kokugo/main.asp?fl=show&id=1000005544&clc=1000000068&cmc=1000005514&cli=1000005532&cmi=1000005540
となっていますね。
特許庁が自ら「，」を使用しないのは勝手だと言えなくもないでしょうが、他者にそれを強制するのならば、まずはこの依命通知や事務次官等会議申合せを撤回させてからにしてほしいものです。
ご参考まで。
出願人側が作成する明細書は公用文に該当しないと思います。
したがって、その通達は、「，」を使用することが日本語として妥当であることの有力な証拠にはなりますが、その通達それ自体が適用されるかのように主張すると、それは違うと言うことに成ると思います。
また、その通達を基準としてしまうと、「．」の方はやはり駄目だと言うことになってしまいます。
ですので、その通達は証拠の一つとして挙げる程度にした方が話がややこしくならないと思います。
ちなみに、ボンゴレさんの
＞「，」が日本語として不適切という指摘は、周囲に聞いてみると結構受けたことのある人が多いようです。
という点ですが、そういう経験の有る者は、私の周囲にはあまり居ません。特定の審査官とその弟子たちか、特定の技術分野に限定される話のような気がします。
何れにしても、特許庁の公式見解とは思えません。
そのため、特許庁に確認する時は、審査基準室に、句読点の表記の仕方（「，」、「、」、「．」、「。」）が６項２号違反になるのか否かという確認をした方が良いと思います。
公式見解かと聞いても、違いますと帰ってくるだけではないでしょうか。回答を引き出すなら、汎用性の有る回答を貰った方が良いと思います。
句読点（「，」も句読点の一種なのですね）の使い方を書いた書類を探して見つからなかったのですが、unknownさんのコメントによってたどり着くことができました。
公用文に関する諸通知（一覧）
http://www.bunka.go.jp/kokugo/main.asp?fl=list&id=1000005514&clc=1000000068
の「別紙」３．その他
http://www.bunka.go.jp/kokugo/main.asp?fl=show&id=1000005544&clc=1000000068&cmc=1000005514&cli=1000005532&cmi=1000005540
に「(2) 1及び2以外の事項は，「公用文作成の要領」(「公用文改善の趣旨徹底について」昭和27年内閣閣甲第16号依命通知)による。」と記載され、
上記「公用文に関する諸通知（一覧）」の第3 書き方について
http://www.bunka.go.jp/kokugo/main.asp?fl=show&id=1000005568&clc=1000000068&cmc=1000005514&cli=1000005536&cmi=1000005557
に
＜注＞２．句読点は，横書きでは「，」および「。」を用いる。
と書かれていることを確認しました。
特許庁にヒアリングするのが楽しみです。
これだけではなんなので、追加として「JIS Z8301:2005 規格票の様式及び作成方法」の「付属書G(規定) 文章の書き方，用字，用語，記述符号及び数字」について御紹介しておきます。
この付属書の「G4 記述符号 G4.2 区切り符号」においても、「b) コンマ“，”は，通常，文章中において語句の切れ又は続きを明らかにするために，次のような場合に付ける。」とされています。
この部分は基本的に「公用文作成の要領」を踏襲しているので、こうなるのは当然なのですが、日本語文中におけるカンマの使用が必ずしも不適切とはされていない、ということの例証の一つとは言えるでしょう。
JISの規格票はweb上で無料では見られないかもしれませんが、御参考まで。
「JIS Z8301:2005 規格票の様式及び作成方法」について、以下のサイトで閲覧「のみ」可能であることが分かりました。
http://www.jisc.go.jp/app/pager?id=12128
このJISの規定によると、「，」のみ可能であり、「、」は規定さえされていないのですね。
お陰様で、「公用文」やJISでどのような規定がされているのかについて勉強することができました。
「，」を用いたときに特許法第３６条第６項第２号違反で拒絶理由になるか、という聞き方をしました。
答えは、「そのような基準を持っているわけではない。ただし、審査官からそのような拒絶理由を受けたら、従って欲しい。」ということです。
審査官の裁量の範囲を大きく認め、審査基準室はコントロールしていないようです。
次回同じような拒絶理由を受けたときに（もう受けないかも知れませんが）、審査官とよく話しあってみましょう。
なお、上のコメントで「JIS Z8301:2005 規格票の様式及び作成方法」のリンク先が間違っているようです。
http://www.jisc.go.jp/
において、「Z8301」で検索してください。
６項２号違反は、ご承知のように無効理由になります。
「受けたら・・・」ということは、審査官から拒絶理由を受けなければ、「，」を修正する必要はないということですから、基準室の見解としては、「，」は無効理由にならない、即ち、６項２号違反に該当しないと言ってるように思えます（無効理由を残して良いという無責任回答で無いならですが）。
ところが、「審査官から拒絶理由を受けたら従って欲しい」ということは、その拒絶理由は適法である、即ち、６項２号違反に該当すると言ってるように思えます。
結局、基準室は何を言いたいのでしょうか？
１．無効理由になるけれど、審査官の指摘がなければ、補正しなくて良いという無責任な回答
２．無効理由にならないけれど、拒絶理由を通知した審査官の顔を立てて下さいという法律に関係の無い変な回答
私には後者に思えました（苦笑）。
審査官は他の干渉を受けずに独立の官庁として査定するわけで、個々の審査について審査基準室がとやかく言うことはできない立場ですよね。
無効理由を有するかどうかも、審判が請求されたときに審判官が独立の官庁として判断するわけです。
従って、審査基準室としては、「審査官はこうすべきです」「こう判断するはずです」と言える立場にないので、質問した私が不利益を被らないためには、「審査官と対話してください」としか言いようがないのでしょう。
そして特４８条の７から５１条まで、いずれも書き出しは「審査官は、」となっています。特許庁長官は登場しません。
以上のような条文構成から、特許庁長官は審査官を指名するのみであり、指名された審査官は、他の干渉を受けることなく、特許法４９条（拒絶の査定）、５１条（特許査定）に基づいて査定を行うと解釈されているようです。
手元にある吉藤著「特許法概説」で確認すると、
「審査官は，高度の専門知識のもとに，独占権の許否を掌るべき職責を有するものであるから，いたずらに他の干渉を受けることなく，独立して許否の判断を公正に行うことが要求される。」とあります。（「，」については原著に忠実に記載しました(^ ^;)
そして、審査官の資格が法定（４７条２項、施行令１２条）され、除斥の規定が設けられています（４８条）。
拒絶の理由は特４９条に法定されていますから、これから外れる裁量権はありませんが、４９条に該当すると審査官が判断すれば拒絶査定がなされ、特許庁長官といえどもこの点について審査官に職務命令を出すことはできないでしょう。
拒絶査定に対して審判が請求されれば審判官合議体が独立に判断することになります。
＞Aさん
特許庁の出している特許審査基準は、通常の行政庁の出している所謂「審査基準」とは異なります。
変だと思われるかもしれませんが、法的位置付けがなく、単なる運用指針に過ぎません。
そのため、裁判所の判断基準も特許審査基準に拘束されませんし、審査、審判レベルの判断基準でも、厳密には特許審査基準に拘束されません。
このことは、判例でもよく確認されています。
この議論はもともと、私の質問に対する審査基準室の応答を解釈する上で、「タテマエからするとうなずける」としたものです。実態について論じているわけではありません。
実態はもちろん、新任審査官は上席審査官の指導を受けるでしょうし、審査の質を一定化するための試みがなされていると思います。審査基準に明確に書かれている事項について、基準に反する査定をしないようにとの指導はあると思います。
一方で、審査基準に記載されていない限り拒絶査定すべきでない、とは言えず、審査基準に適切な指針が示されていない個別の事案については、審査基準を離れて妥当な判断をすべく審査はなされていると思います。
＞「審査基準」に対外的な意味で法的効果がないのは、おそらくどの行政庁でも一緒ではないでしょうか。
違います。一般の行政官庁の審査基準とは、行政手続法第５条の規定によるものであり、法規範です。
したがって、一般の行政官庁は、審査基準に違背した処分は許されませんし、裁判所も審査基準を無視した判決は出せません。
一方、特許法については、特許法第１９５条の３により、同上の規定が適用除外とされていますので、審査基準は法的規範ではなく、特許庁の審査官・審判官は、審査基準に違背した処分が可能です。
例えば、平成１７年（行ケ）第１００４２号（サポート要件で有名になった事件）等でもそのことが確認されています。
＞しかし、行政庁が審査基準を公開しているのであれば、法的予測可能性を担保するために、その審査基準に従うべき義務が生じるのではないでしょうか。
上記したように「義務」は生じません。もちろん、特許法の枠を超えて審査基準に違背する行為は許容される訳ではありませんが、特許法の枠内にある限り、審査基準に拘束されません。
＞この意味において、審査官には、裁判官のような自由心証主義（すなわち独立性）は妥当しないと思います。
特許審査・審判は、職権探知主義ですから、その意味において、当然、自由心証主義ではありません。
独立の行政機関という場合の独立性は、自由心証主義とイコールではありません。
＞また、審査官に、組織内部の上司の方針に従う義務があるのであれば、独立とはいえません。
特許審査の処分に関する限り、審査官は上司の方針に従がう義務はありません。だからこそ、面接等の場で審査官が大概的に最終判断をだせるのです。
審判官についても同じです。
ですから、お読みになったのならお分かりと思いますが、特許法だけでなく、意匠法等でも、特許法第195条の3の規定に基づき、審査基準に違背しても不法行為ではないと、幾多の判例が出ており、その法的解釈は現在に至るまで覆っていません。
そのため、現在の法律解釈では、審査官・審判官に、法律上、審査基準の順守義務はありません。
また、信義則の観点から言えば、頻繁に判断基準が変更されることは好ましくありませんが、特許権は強力な権利ですから、その設定登録に当っては、特許法の精神に沿うことが大事です。そのためには、過去の判例や特許庁の方針をまとめた審査基準よりも、より適当な判断がある場合には、そちらが優先されるべきと思われます。
特許権については、特許庁と出願人だけの問題ではなく、広く他の国民との間の問題ですから、出願人との間の信義則を第一に置くべきでないのは当然です。Ａさんは、この点について誤認されてるように思います。
したがって、審査基準の順守が特許法の精神に最も適合している限りにおいて、審査基準を遵守することが好ましいとしか言えないと思います。
＞審査官が審査基準に拘束されないとなると、裁判官と同様に法的解釈を自ら行ってよいことを認めることになりませんか。
ですから、裁判官が審査基準は基本的な考え方を示すだけのものと認めている訳ですから、そこら辺の疑問は知財高裁にでもぶつけて下さい。
＞審査官は、事実認定をして、審査基準に適用して、判断を下すことが、審査レベルの適正化に資すると思いますが、いかがでしょう。
話がずれていると思います。それは現状で特許庁で行われていることですし、適正化は出願人側の立場としても望ましいとしか言えません。
Ａさんは、審査基準に詳細に規定されていないことは、拒絶理由にはならないべきという説を述べられていました。私はそうではないと言うことの為に、特許審査基準の位置付けと法律解釈の話を述べたに過ぎません。
話がずれて来ていますし、ボンゴレさんにも迷惑かと思いますので、この話はこれで終わりにします。
ここでの議論の論点はいくつもあります。
・私の質問に対する審査基準室の応答をどのように理解するか。
・個別の事件で、審査官はどのような態度で審査を行うべきか。
・特許庁は、審査基準をどのように整備していくべきか。
・上記の論点は、タテマエと実態がどのように一致・乖離しているか。
上記各論点は、それぞれ別々に議論しないと、話が混乱するばかりなのですが、うまく分離することができていません。
そういうこともあり、私もコメントしづらい状況に陥っており、申し訳なく思っております。
私自身は少し時間をおいて頭を冷やしたいと考えておりますので、どうかご容赦ください。
ｶﾝﾏに対して拒絶理由だと考える審査官がいるように、基準室の審査官もいろんな考えの人がおり、別の人なら、「そのような拒絶理由は出さないようにします」と回答したかもしれません。
昭和から平成に変わったとき、公報は既に印刷にまわっていたので、昭和のままで発行されましたが、年号については法律で「読み替える」ということになっていました。それを盾に、引用文献の表記で、公報には「特開昭」とあるのに「特開平」に書き換えさせた基準室の審査官がいました。拒絶理由を出した審査官に、間違いではと問い合わせたら、基準室の指令だとの回答でした。
今回の件は、内容に影響がなく、どうでも良いことだと回答者が判断し、従ってくださいと言ったものと思います。
ｸﾚｰﾑの冒頭の「前記」を嫌う審査官もいます。
近年、審査官は、処理に追われており、処理件数を増やすための拒絶理由とも考えられます。
電話で問い合わせる当方も、審査基準室の統一見解を求めようというほどの気はありませんでした。取り敢えず電話してみた、というところです。
審査前の出願案件で「，」を使っている案件はまだありますから、また同じような拒絶理由通知を受けたら、そのときは審査官とよく話しあってみることにします。
もう二度とないかも知れませんが。